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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » FlexX 和 Autodock的优缺点比较
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小路西达

金虫 (正式写手)

[求助] FlexX 和 Autodock的优缺点比较

我用FlexX做的DNA对接，AutoDock做的蛋白对接，编辑问为什么分别用这两个做？其实这两个是不同的实验室做的。不知道怎么回答啊。
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加油
1楼2013-01-04 22:27:22
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longlongdlut

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小路西达: 金币+5, ★有帮助, 谢谢啊 2013-01-10 15:23:41
都改成用autodock做即可
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2楼2013-01-08 17:30:43
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小路西达

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longlongdlut at 2013-01-08 17:30:43
都改成用autodock做即可

那好麻烦的啊 就是想怎么把它圆过去
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加油
3楼2013-01-08 20:20:57
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 22:07:59
小路西达: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啊 2013-01-10 15:23:12
除非你的两个体系中torsion的键数相差很大，如果我没有记错的华flexX是片段生长？而autodock的话torsion是有限制的，基本上大于11的话结果就不靠谱。而且autodock在计算affinity energy的时候会考虑torsion消耗的能量。这样有的时候torsion energy很高时，整体的affinity energy就下来了。但是实际可能不是这样。这个可能也是不建议torsion在11以上用autodock计算的原因，我自己有很多的例子，用vina跑出来affinity energy很高，但是autodock一跑，就下来了。
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4楼2013-01-08 21:10:43
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ljwd2d3

新虫 (初入文坛)
FlexX has actually been developed at
Fraunhofer Institute SCAI. Both, FlexX and AutoDock are
amongst the most widely used docking tools.[24] FlexX is
based on an incremental base fragment construction and a
conformation sampling algorithm while AutoDock is based
on Lamarckian genetic algorithm. FlexX can, by default,
generate the interaction information of the predicted binding
poses along with the binding energy scores of the
docked conformations of the ligand. However, AutoDock
does not produce such interaction information by default
and therefore, AutoDockTools’[25] scripts were modified to
produce similar interaction information for the docked conformation
of the ligand like those of FlexX.
正好独到这篇，Mol. Inf. 2010, 29, 781 – 791
An Improved Weighted-Residue Profile Based Method of
Using Protein–Ligand Interaction Information in Increasing
Hits Selection from Virtual Screening: A Study on Virtual
Screening of Human GPCR A2A Receptor Antagonists
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5楼2013-02-28 11:40:37
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tanxijuan

铁杆木虫 (著名写手)
good discussion
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6楼2013-03-08 22:03:21
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happyqilu

新虫 (初入文坛)
我只知道一个收费，一个免费
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7楼2013-03-18 18:01:19
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
学习一下
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8楼2013-03-25 09:07:22
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