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小路西达金虫 (正式写手)
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[求助]
FlexX 和 Autodock的优缺点比较
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| 我用FlexX做的DNA对接，AutoDock做的蛋白对接，编辑问为什么分别用这两个做？其实这两个是不同的实验室做的。不知道怎么回答啊。 |
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7楼2013-03-18 18:01:19
longlongdlut 
铜虫 (小有名气)
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都改成用autodock做即可 2楼2013-01-08 17:30:43
小路西达
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3楼2013-01-08 20:20:57
lrf1980
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【答案】应助回帖
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zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 22:07:59
小路西达: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啊 2013-01-10 15:23:12
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 22:07:59
小路西达: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啊 2013-01-10 15:23:12
| 除非你的两个体系中torsion的键数相差很大，如果我没有记错的华flexX是片段生长？而autodock的话torsion是有限制的，基本上大于11的话结果就不靠谱。而且autodock在计算affinity energy的时候会考虑torsion消耗的能量。这样有的时候torsion energy很高时，整体的affinity energy就下来了。但是实际可能不是这样。这个可能也是不建议torsion在11以上用autodock计算的原因，我自己有很多的例子，用vina跑出来affinity energy很高，但是autodock一跑，就下来了。 |
4楼2013-01-08 21:10:43
