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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » FlexX 和 Autodock的优缺点比较
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小路西达

金虫 (正式写手)

[求助] FlexX 和 Autodock的优缺点比较

我用FlexX做的DNA对接，AutoDock做的蛋白对接，编辑问为什么分别用这两个做？其实这两个是不同的实验室做的。不知道怎么回答啊。
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加油
1楼 2013-01-04 22:27:22
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happyqilu

新虫 (初入文坛)
我只知道一个收费，一个免费
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7楼2013-03-18 18:01:19
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longlongdlut

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小路西达: 金币+5, ★有帮助, 谢谢啊 2013-01-10 15:23:41
都改成用autodock做即可
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2楼2013-01-08 17:30:43
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小路西达

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longlongdlut at 2013-01-08 17:30:43
都改成用autodock做即可

那好麻烦的啊 就是想怎么把它圆过去
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加油
3楼2013-01-08 20:20:57
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 22:07:59
小路西达: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啊 2013-01-10 15:23:12
除非你的两个体系中torsion的键数相差很大，如果我没有记错的华flexX是片段生长？而autodock的话torsion是有限制的，基本上大于11的话结果就不靠谱。而且autodock在计算affinity energy的时候会考虑torsion消耗的能量。这样有的时候torsion energy很高时，整体的affinity energy就下来了。但是实际可能不是这样。这个可能也是不建议torsion在11以上用autodock计算的原因，我自己有很多的例子，用vina跑出来affinity energy很高，但是autodock一跑，就下来了。
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4楼2013-01-08 21:10:43
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