| 查看: 2708 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
小路西达金虫 (正式写手)
|
[求助]
FlexX 和 Autodock的优缺点比较
|
|
| 我用FlexX做的DNA对接，AutoDock做的蛋白对接，编辑问为什么分别用这两个做？其实这两个是不同的实验室做的。不知道怎么回答啊。 |
回复此楼» 猜你喜欢
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
为什么国自然不能直接公布
已经有5人回复
-
梦想
已经有7人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有4人回复
-
面上合作单位盖章
已经有8人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- autodock的安装
已经有10人回复
- Autodock的操作流程---win下
已经有565人回复
- Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
已经有18人回复
- AutoDock产生的结果dlg文件转化成pdb文件
已经有13人回复
- AutoDock参数设置问题
已经有6人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- AutoDock的安装？
已经有7人回复
- 【求助】Autodock分析请教
已经有17人回复
- 【求助】autodock计算的结果重复性不好
已经有9人回复
- 【求助】AUTODOCK的一个问题
已经有6人回复
- 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
已经有9人回复
- 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
已经有42人回复
- 【资源】PyRx-基于autodock的虚拟筛选软件
已经有31人回复
7楼2013-03-18 18:01:19
longlongdlut 
铜虫 (小有名气)
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 31.1
- 散金: 199
- 帖子: 52
- 在线: 18.1小时
- 虫号: 2211881
- 注册: 2012-12-28
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
都改成用autodock做即可 2楼2013-01-08 17:30:43
小路西达
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 611.4
- 散金: 72
- 帖子: 384
- 在线: 58.7小时
- 虫号: 1168254
- 注册: 2010-12-12
- 性别: GG
- 专业: 流行病学方法与卫生统计
3楼2013-01-08 20:20:57
lrf1980
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 1254.2
- 红花: 3
- 帖子: 136
- 在线: 52.5小时
- 虫号: 2060967
- 注册: 2012-10-14
- 专业: 药物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 22:07:59
小路西达: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啊 2013-01-10 15:23:12
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 22:07:59
小路西达: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啊 2013-01-10 15:23:12
| 除非你的两个体系中torsion的键数相差很大，如果我没有记错的华flexX是片段生长？而autodock的话torsion是有限制的，基本上大于11的话结果就不靠谱。而且autodock在计算affinity energy的时候会考虑torsion消耗的能量。这样有的时候torsion energy很高时，整体的affinity energy就下来了。但是实际可能不是这样。这个可能也是不建议torsion在11以上用autodock计算的原因，我自己有很多的例子，用vina跑出来affinity energy很高，但是autodock一跑，就下来了。 |
4楼2013-01-08 21:10:43
30