| 查看: 5132 | 回复: 13 | |||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||||
woody196木虫 (著名写手)
|
[交流]
NCBI在线Blast的图文说明 已有12人参与
|
||||||||
|
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线blast：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 1，进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5，blast结果的图形显示。没啥好说的。 6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。 7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一点。由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的。有时也要注意3'端的。 附： E值（Expect)：表示随机匹配的可能性，E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。 一致性(Identities)：或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数。 缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。用"—"来表示。  1.jpg  2.jpg  3.jpg  4.jpg  5.jpg  6.jpg  7.jpg [ Last edited by woody196 on 2013-10-27 at 10:08 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 百宝箱 | 分子技术专辑 | 未来的生活 | 生物软件 |
| 生物资源 | 文献检索 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
白慕水» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答
已经有5人回复
- 核酸序列比对方法
已经有8人回复
- 怎样在ncbi blast的比对结果上找到最相似的序列呢
已经有7人回复
- NCBI BLAST的应用
已经有9人回复
- NCBI blast 序列比对遇到的问题
已经有4人回复
- 系统发育树构建
已经有31人回复
- NCBI在线blast的问题
已经有7人回复
- 请问：NCBI Blast里得出的序列的 e value是什么意思？
已经有7人回复
- 想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列 谢谢啊
已经有15人回复
- 【教程】NCBI、blast相关教程
已经有233人回复
- （侯氏出品）图文讲解在NCBI搜索文献
已经有75人回复
- NCBI中的BLAST使用
已经有12人回复
- NCBI上BLAST结果的标题翻译成中文，怎么样更准确？
已经有3人回复
- 【求助/交流】如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?
已经有11人回复
- 【求助/交流】16s rDNA,在NCBI blast
已经有3人回复
- 【求助/交流】NCBI中细菌Blast比对100%能不能说是一个种
已经有3人回复
- 【求助/交流】NCBI blast的一个问题
已经有5人回复
- 【求助/交流】恳求：如何进行序列拼接
已经有8人回复
- 【求助/交流】NCBI中对设计的引物blast时E值怎么看？
已经有5人回复
- 【求助/交流】NCBI blast 具体
已经有8人回复
- NCBI blast 结果一些参数的含义求高手指点
已经有12人回复
- 【分享】 在NCBI上使用BLAST等工具的心得【已搜索无重复】
已经有58人回复
4楼2013-10-28 11:54:14
woody196
木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1839.1
- 散金: 2928
- 红花: 22
- 帖子: 1298
- 在线: 141.7小时
- 虫号: 2517758
- 注册: 2013-06-22
- 性别: GG
- 专业: 植物进化生物学
3楼2013-10-27 10:14:29
白慕水
荣誉版主 (文坛精英)
轻言软语的语
- 应助: 5 (幼儿园)
- 贵宾: 0.581
- 金币: 11692.8
- 散金: 51032
- 红花: 458
- 沙发: 419
- 帖子: 16964
- 在线: 2945小时
- 虫号: 2219864
- 注册: 2013-01-03
- 性别: MM
- 专业: 系统生物学
- 管辖: 有机资源
5楼2013-10-28 15:08:10
想学好的学渣
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5642.3
- 散金: 210
- 红花: 2
- 帖子: 478
- 在线: 105.9小时
- 虫号: 2719343
- 注册: 2013-10-12
- 性别: GG
- 专业: 果树学
6楼2013-10-29 18:05:39
10