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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] 跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容,为什么?

RT,小弟用GMX跑ligand和蛋白的体系1ns,在各种优化平衡之后,输入
grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md_0_1.tpr
mdrun -deffnm md_0_1
命令行运行数小时后,出来的md_0_1.trr文件大小为0,没有载入任何数据,为什么呢?之前平衡压力和温度的.trr文件里倒是写入了数据也观察到了模拟。

盼高手解答,谢谢!
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书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
pkuchemistry: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-10-16 20:06:52
与没有相应的xtc文件?看下你的mdp设置输出是不是有设置坐标输出/
gromacs
4楼2013-10-16 12:47:49
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

up

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2013-10-16 09:29:19
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

up

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2013-10-16 09:31:27
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-16 12:47:49
与没有相应的xtc文件?看下你的mdp设置输出是不是有设置坐标输出/

有xtc文件,也有内容,就是trr怎么是空的呢?
书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
5楼2013-10-16 19:03:25
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