| 查看: 1974 | 回复: 4 | |||
pkuchemistry捐助贵宾 (著名写手)
|
[求助]
跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？
|
|
RT,小弟用GMX跑ligand和蛋白的体系1ns，在各种优化平衡之后，输入 grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md_0_1.tpr mdrun -deffnm md_0_1 命令行运行数小时后，出来的md_0_1.trr文件大小为0，没有载入任何数据，为什么呢？之前平衡压力和温度的.trr文件里倒是写入了数据也观察到了模拟。 盼高手解答，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
材料与化工304求B区调剂
已经有7人回复
-
0703化学336分求调剂
已经有4人回复
-
[复试调剂]西南科技大学国防/材料导师推荐
已经有6人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有12人回复
-
211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习
已经有4人回复
-
材料专硕326求调剂
已经有5人回复
-
东南大学364求调剂
已经有5人回复
-
国自科面上基金字体
已经有7人回复
-
药学383 求调剂
已经有4人回复
-
286求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS中如何设置将分子放在模拟盒子的中心处
已经有15人回复
- lammps文件可视化问题
已经有14人回复
- 新手求助有关RMSD,RMSF等计算
已经有12人回复
- gromacs跑动力学时，水分子的影响
已经有3人回复
- 请问，蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来？
已经有8人回复
- VMD怎么显示模拟盒子的边界？
已经有6人回复
- discover模拟，分子跑到盒子外面怎么办
已经有5人回复
- 怎么把Discover动力学完成后的轨迹文件提取出来？
已经有10人回复
- LAMMPS Error:lost atoms
已经有7人回复
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？
已经有21人回复
- 【求助】关于RMSD的计算
已经有4人回复
- 【求助】关于磁流体的模拟
已经有4人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
pkuchemistry
捐助贵宾 (著名写手)
|
up [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
2楼2013-10-16 09:29:19
pkuchemistry
捐助贵宾 (著名写手)
|
up [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
3楼2013-10-16 09:31:27
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
4楼2013-10-16 12:47:49
pkuchemistry
捐助贵宾 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 22 (小学生)
- 金币: 2620.4
- 散金: 1153
- 红花: 26
- 帖子: 2473
- 在线: 847.6小时
- 虫号: 329690
- 注册: 2007-03-23
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
5楼2013-10-16 19:03:25
