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啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)

[求助] pymol 小分子的叠合

请教大家,我对接了2个化合物进入2个PDB文件(靶点是一样的,也就是说同一靶点的2类小分子,当然PDB不同),想用pymol进行叠合(4个文件,即site和ligand各一对),2个site可以通过A--align--to molecule ……来实现,但是小分子ligand 通过此方法不行,请教如何让也实现小分子的叠合(site叠合site,ligand叠合ligand),谢谢!
不知道我有没有说明白,谢谢!
pymol 小分子的叠合
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啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by alarace at 2013-10-09 20:47:33
既然已经解决,lz何妨和大家分享一下解决的方法,多谢!

我是让别的专业人员帮助弄的,我是个菜鸟,就是老师让叠合一下而已,不是专门研究计算机模拟的,不好意思了
他给我的解说是:把蛋白和分子当做一个整体去叠合,不要分开弄,就行了。
4楼2013-10-10 10:11:00
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普通回帖

啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)

已解决,取消求助,谢谢!
2楼2013-10-09 18:26:01
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alarace

至尊木虫 (知名作家)

既然已经解决,lz何妨和大家分享一下解决的方法,多谢!
3楼2013-10-09 20:47:33
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once1015

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2013-10-10 10:11:00
我是让别的专业人员帮助弄的,我是个菜鸟,就是老师让叠合一下而已,不是专门研究计算机模拟的,不好意思了
他给我的解说是:把蛋白和分子当做一个整体去叠合,不要分开弄,就行了。...

请问楼主 你叠加后 怎么把 后面的一个配体和前面的一个蛋白 保存成一个PDB的呢?
5楼2013-10-10 11:46:17
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alarace

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2013-10-10 10:11:00
我是让别的专业人员帮助弄的,我是个菜鸟,就是老师让叠合一下而已,不是专门研究计算机模拟的,不好意思了
他给我的解说是:把蛋白和分子当做一个整体去叠合,不要分开弄,就行了。...

多谢lz,方便的话把叠合好的图片发上来欣赏一下吧。
6楼2013-10-10 12:11:22
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fengxinzi78

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by once1015 at 2013-10-10 11:46:17
请问楼主 你叠加后 怎么把 后面的一个配体和前面的一个蛋白 保存成一个PDB的呢?...

叠加后应该是不能保存为pdb格式的,而是pdbqt格式的文件,需要用转换软件转为pdb格式吧
Acontentedmindisaperpetualfeast!
7楼2013-10-10 14:47:21
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bao65662

新虫 (初入文坛)

请问小分子ligand文件哪里下载?谢谢
8楼2014-04-30 11:02:37
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啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-16 18:53:42
引用回帖:
8楼: Originally posted by bao65662 at 2014-04-30 11:02:37
请问小分子ligand文件哪里下载?谢谢

不是下载的,是从PDB文件中提取的
9楼2014-05-07 15:57:49
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sunshine???

新虫 (职业作家)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2014-05-07 15:57:49
不是下载的,是从PDB文件中提取的...

我也遇到这种问题了,一个蛋白晶体结构没有配体,一个晶体结构有配体,让这两个晶体结构叠合比较容易。但是,我自己设计了一个小分子,想要和已经有晶体结构中的小分子进行叠合该怎么处理呢?

发自小木虫Android客户端
10楼2019-11-30 10:22:14
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