24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1559  |  回复: 6

PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] pymol作图,谢谢

请教大家,

用DS将小分子和蛋白对接后,存成mol2文件,然后期望能用pymol显示,但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就,所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开,是可以显示的


求解这是什么原因呢,再次谢谢您的帮助
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:03
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:36
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:47:06:
请教大家,

用DS将小分子和蛋白对接后,存成mol2文件,然后期望能用pymol显示,但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就,所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开,是可以显示的


求解这是什么原因 ...

就我所知,PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的,能不能试着保存成PDB格式呢?
2楼2011-04-27 13:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 13:49:48:
就我所知,PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的,能不能试着保存成PDB格式呢?

恩,是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白,所以。。。。。。
3楼2011-04-27 13:53:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
PSA(金币+5): 谢谢您的帮助 2011-04-27 14:56:51
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:21
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:20
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:53:55:
恩,是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白,所以。。。。。。

呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~
4楼2011-04-27 14:23:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 14:23:13:
呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~

MVD做的结果不好,恩好的,那我先试试
5楼2011-04-27 14:50:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:36
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:01
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 14:50:28:
MVD做的结果不好,恩好的,那我先试试

不是啊~我的意思是让你把保存的MOL2利用MVD转化为PDB,再用PYMOL打开就好了啊~
6楼2011-04-27 15:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 15:15:22:
不是啊~我的意思是让你把保存的MOL2利用MVD转化为PDB,再用PYMOL打开就好了啊~

哦,明白了

试一下

3u
7楼2011-04-27 17:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 PSA 的主题更新
信息提示
请填处理意见