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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » pymol作图，谢谢
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PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] pymol作图，谢谢

请教大家，

用DS将小分子和蛋白对接后，存成mol2文件，然后期望能用pymol显示，但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就，所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开，是可以显示的


求解这是什么原因呢，再次谢谢您的帮助
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1楼 2011-04-27 13:47:06
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
PSA(金币+5): 谢谢您的帮助 2011-04-27 14:56:51
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:21
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:20
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:53:55:
恩，是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白，所以。。。。。。

呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-27 14:23:13
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:03
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:36
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:47:06:
请教大家，

用DS将小分子和蛋白对接后，存成mol2文件，然后期望能用pymol显示，但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就，所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开，是可以显示的


求解这是什么原因 ...

就我所知，PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的，能不能试着保存成PDB格式呢？
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2楼2011-04-27 13:49:48
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 13:49:48:
就我所知，PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的，能不能试着保存成PDB格式呢？

恩，是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白，所以。。。。。。
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-27 13:53:55
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 14:23:13:
呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~

MVD做的结果不好，恩好的，那我先试试
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5楼2011-04-27 14:50:28
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