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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 用pymol显示氢键的问题，在线等，急需解决，谢谢！
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PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] 用pymol显示氢键的问题，在线等，急需解决，谢谢！

对接后的PDB文件用pymol显示不出ligplus能显示出来的那个氢键（ALA173），而pymol显示出了ligplus不显示的氢键（TYR179）。我想要蛋白的二级结构那样子的图，所以想用pymol作图，另外我用MVD，ds也显示了结果和pymol一样。我需要用ALA173这个来说明问题，我猜有可能是氢键的距离问题，这个键长是3.26，我可以通过什么设置来改变pymol的cutoff吗？请大家指导

我现在把PDB文件传上来，希望能够得到你们的帮助，谢谢！

顺祝中秋快乐
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1楼 2011-09-08 19:19:18
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fantastic

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
PSA(金币+20): 2011-09-09 08:36:43
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-09-13 07:35:36
以前用pymol的时候，记得在pymol的某一个下拉菜单里面有一个选项，忘了是setting还是preference了，可以设置cutoff。
你这个情况应该是两个软件对于氢键的定义的参数不同吧~
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2楼2011-09-09 01:21:17
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fantastic at 2011-09-09 01:21:17:
以前用pymol的时候，记得在pymol的某一个下拉菜单里面有一个选项，忘了是setting还是preference了，可以设置cutoff。
你这个情况应该是两个软件对于氢键的定义的参数不同吧~

能不能再说的详细点呢

谢谢
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3楼2011-09-09 08:37:34
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flyingkid

金虫 (小有名气)
如果只是要做图的话很简单，用wizard的measurement里面的distance点上这两个原子就OK了啊，想要去掉label标记的话在hide里面选上label
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4楼2011-09-17 19:12:57
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by flyingkid at 2011-09-17 19:12:57:
如果只是要做图的话很简单，用wizard的measurement里面的distance点上这两个原子就OK了啊，想要去掉label标记的话在hide里面选上label

3uO(∩_∩)O~
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5楼2011-09-17 20:08:17
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