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PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] 用pymol显示氢键的问题,在线等,急需解决,谢谢!

对接后的PDB文件用pymol显示不出ligplus能显示出来的那个氢键(ALA173),而pymol显示出了ligplus不显示的氢键(TYR179)。我想要蛋白的二级结构那样子的图,所以想用pymol作图,另外我用MVD,ds也显示了结果和pymol一样。我需要用ALA173这个来说明问题,我猜有可能是氢键的距离问题,这个键长是3.26,我可以通过什么设置来改变pymol的cutoff吗?请大家指导

我现在把PDB文件传上来,希望能够得到你们的帮助,谢谢!

顺祝中秋快乐
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pymol/VMD/Origin

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flyingkid

金虫 (小有名气)

如果只是要做图的话很简单,用wizard的measurement里面的distance点上这两个原子就OK了啊,想要去掉label标记的话在hide里面选上label
4楼2011-09-17 19:12:57
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fantastic

银虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★
PSA(金币+20): 2011-09-09 08:36:43
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-09-13 07:35:36
以前用pymol的时候,记得在pymol的某一个下拉菜单里面有一个选项,忘了是setting还是preference了,可以设置cutoff。
你这个情况应该是两个软件对于氢键的定义的参数不同吧~
2楼2011-09-09 01:21:17
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PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fantastic at 2011-09-09 01:21:17:
以前用pymol的时候,记得在pymol的某一个下拉菜单里面有一个选项,忘了是setting还是preference了,可以设置cutoff。
你这个情况应该是两个软件对于氢键的定义的参数不同吧~

能不能再说的详细点呢

谢谢
3楼2011-09-09 08:37:34
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PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by flyingkid at 2011-09-17 19:12:57:
如果只是要做图的话很简单,用wizard的measurement里面的distance点上这两个原子就OK了啊,想要去掉label标记的话在hide里面选上label

3uO(∩_∩)O~
5楼2011-09-17 20:08:17
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