24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1651  |  回复: 6

PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] pymol作图,谢谢

请教大家,

用DS将小分子和蛋白对接后,存成mol2文件,然后期望能用pymol显示,但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就,所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开,是可以显示的


求解这是什么原因呢,再次谢谢您的帮助
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:03
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:36
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:47:06:
请教大家,

用DS将小分子和蛋白对接后,存成mol2文件,然后期望能用pymol显示,但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就,所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开,是可以显示的


求解这是什么原因 ...

就我所知,PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的,能不能试着保存成PDB格式呢?
2楼2011-04-27 13:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 13:49:48:
就我所知,PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的,能不能试着保存成PDB格式呢?

恩,是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白,所以。。。。。。
3楼2011-04-27 13:53:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
PSA(金币+5): 谢谢您的帮助 2011-04-27 14:56:51
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:21
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:20
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:53:55:
恩,是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白,所以。。。。。。

呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~
4楼2011-04-27 14:23:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 14:23:13:
呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~

MVD做的结果不好,恩好的,那我先试试
5楼2011-04-27 14:50:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:36
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:01
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 14:50:28:
MVD做的结果不好,恩好的,那我先试试

不是啊~我的意思是让你把保存的MOL2利用MVD转化为PDB,再用PYMOL打开就好了啊~
6楼2011-04-27 15:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 15:15:22:
不是啊~我的意思是让你把保存的MOL2利用MVD转化为PDB,再用PYMOL打开就好了啊~

哦,明白了

试一下

3u
7楼2011-04-27 17:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 PSA 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 272分材料子求调剂 +35 Loy0361 2026-04-10 44/2200 2026-04-11 17:55 by tj2m
[考研] 299求调剂 +7 ZVVZ13 2026-04-08 7/350 2026-04-11 11:54 by zhq0425
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 0854调剂 +8 950824he@ 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:11 by zhq0425
[考研] 362求调剂 +10 我要考大 2026-04-06 14/700 2026-04-10 17:00 by luoyongfeng
[考研] 机械专368 有去处吗 +4 种大树 2026-04-10 4/200 2026-04-10 15:31 by jiajinhpu
[考研] 一志愿中南大学物理学,英一66,求调剂 +4 长烟旖旎 2026-04-08 5/250 2026-04-10 10:31 by 颖果儿
[考研] 一志愿双非085400电子信息344 求调剂,对材料和化学方向也感兴趣 +8 无情的小羊 2026-04-09 9/450 2026-04-10 09:30 by 松花缸1201
[考研] 278求调剂 +27 范婷娜 2026-04-07 31/1550 2026-04-09 20:49 by zhouxiaoyu
[考研] 085600材料与化工301分求调剂院校 +33 刺痛jk 2026-04-06 34/1700 2026-04-09 18:31 by hy861222
[考研] 材料工程322 +18 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 19/950 2026-04-09 10:44 by cymywx
[考研] 286求调剂 +19 Faune 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 08:36 by 哦哦123
[考研] 机械工程313分找工科调剂 +3 双一流本科机械 2026-04-08 3/150 2026-04-08 20:41 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿郑州大学085600求调剂 +21 吃的不少 2026-04-05 24/1200 2026-04-08 16:47 by sunhuadong
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +10 努力奋斗112 2026-04-07 10/500 2026-04-08 15:01 by screening
[考研] 机械调剂 +3 zzzbcb 2026-04-07 3/150 2026-04-07 22:19 by hemengdong
[考研] 22408 一志愿双一流人工智能300分 四六级,数据分析国奖 +4 zzfeng123 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:02 by zzfeng123
[考研] 材料调剂 +17 小刘同学吖吖 2026-04-06 18/900 2026-04-07 11:41 by 诗与自由
[考研] 085100建筑学 寻求跨专业调剂 一志愿南大294分 校级省级国家级奖项若干 踏实肯干 +3 1021075758 2026-04-06 4/200 2026-04-07 09:23 by 蓝云思雨
[考研] 332求调剂 +17 小小孟... 2026-04-05 18/900 2026-04-06 09:51 by 蓝云思雨
信息提示
请填处理意见