应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » pymol作图，谢谢
51/1返回列表
查看: 1656  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] pymol作图，谢谢

请教大家，

用DS将小分子和蛋白对接后，存成mol2文件，然后期望能用pymol显示，但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就，所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开，是可以显示的


求解这是什么原因呢，再次谢谢您的帮助
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-04-27 13:47:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 15:15:22:
不是啊~我的意思是让你把保存的MOL2利用MVD转化为PDB,再用PYMOL打开就好了啊~

哦，明白了

试一下

3u
赞一下 回复此楼
7楼2011-04-27 17:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:03
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:36
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:47:06:
请教大家，

用DS将小分子和蛋白对接后，存成mol2文件，然后期望能用pymol显示，但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就，所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开，是可以显示的


求解这是什么原因 ...

就我所知，PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的，能不能试着保存成PDB格式呢？
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-27 13:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 13:49:48:
就我所知，PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的，能不能试着保存成PDB格式呢？

恩，是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白，所以。。。。。。
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-27 13:53:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
PSA(金币+5): 谢谢您的帮助 2011-04-27 14:56:51
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:21
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:20
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:53:55:
恩，是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白，所以。。。。。。

呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-27 14:23:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 本科郑州大学，一志愿华东师范大学282求调剂 +24 熊哥xtk 2026-04-07 27/1350 2026-04-13 08:30 by lhj2009
[考研] 339求调剂 +3 hanwudada 2026-04-12 3/150 2026-04-12 21:43 by lbsjt
[考研] 一志愿华中农微生物，288分，三年实验经历 +11 代fish 2026-04-09 11/550 2026-04-12 10:21 by Hayaay
[考研] 305求调剂 +7 玛卡巴卡boom 2026-04-11 7/350 2026-04-12 07:35 by zhouxiaoyu
[考研] 化工求调剂！ +35 RichLi_ 2026-04-06 35/1750 2026-04-11 11:02 by zhq0425
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 一志愿东北大学控制工程085406数二英二385，求调剂 +8 Ezra_Zhang 2026-04-09 8/400 2026-04-11 09:15 by 猪会飞
[考研] 291 求调剂 +29 化工2026届毕业� 2026-04-09 29/1450 2026-04-10 22:55 by dick_runner
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 085601初试330分找调剂 +10 流心奶黄包l 2026-04-09 10/500 2026-04-10 08:14 by Sammy2
[考研] 314求调剂 +14 weltZeng 2026-04-09 14/700 2026-04-09 23:14 by wolf97
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +13 相信必会光芒万� 2026-04-06 16/800 2026-04-09 13:54 by 徐良白眉大侠
[考研] 086000生物与医药调剂 +7 awwwwwooooo 2026-04-09 7/350 2026-04-09 13:31 by 北极159263
[考研] 286求调剂 +19 Faune 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 08:36 by 哦哦123
[考研] 22408 266求调剂 +11 masss11222 2026-04-07 14/700 2026-04-08 11:06 by yulian1987
[考研] 263分B区求调剂 +6 李nihao 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:38 by 南开小綦
[考研] 304求调剂 +10 素年祭语 2026-04-06 17/850 2026-04-08 09:05 by 蓝云思雨
[考研] 318求调剂 +5 李青山山山 2026-04-07 5/250 2026-04-07 18:24 by 蓝云思雨
[考研] 调剂 +4 mcbbc 2026-04-06 5/250 2026-04-07 12:33 by upczlm1989
[考研] 求调剂到材料 +5 程9915 2026-04-06 5/250 2026-04-06 15:21 by yulian1987
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭