24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1669  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] pymol作图,谢谢

请教大家,

用DS将小分子和蛋白对接后,存成mol2文件,然后期望能用pymol显示,但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就,所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开,是可以显示的


求解这是什么原因呢,再次谢谢您的帮助
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 15:15:22:
不是啊~我的意思是让你把保存的MOL2利用MVD转化为PDB,再用PYMOL打开就好了啊~

哦,明白了

试一下

3u
7楼2011-04-27 17:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:03
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:36
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:47:06:
请教大家,

用DS将小分子和蛋白对接后,存成mol2文件,然后期望能用pymol显示,但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就,所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开,是可以显示的


求解这是什么原因 ...

就我所知,PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的,能不能试着保存成PDB格式呢?
2楼2011-04-27 13:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 13:49:48:
就我所知,PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的,能不能试着保存成PDB格式呢?

恩,是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白,所以。。。。。。
3楼2011-04-27 13:53:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
PSA(金币+5): 谢谢您的帮助 2011-04-27 14:56:51
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:21
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:20
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:53:55:
恩,是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白,所以。。。。。。

呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~
4楼2011-04-27 14:23:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 271求调剂 +34 2261744733 2026-04-11 36/1800 2026-04-16 11:22 by gdupt2023
[考研] 327求调剂 +26 Xxjc1107. 2026-04-13 29/1450 2026-04-16 10:52 by Espannnnnol
[考研] 求调剂 +22 MAX怅惘 2026-04-09 24/1200 2026-04-16 10:34 by Espannnnnol
[考研] 297,工科调剂? +3 河南农业大学-能 2026-04-14 3/150 2026-04-15 22:02 by noqvsozv
[考研] 生物学调剂 +9 纸扇zhishan 2026-04-13 9/450 2026-04-15 18:28 by AN流800
[考研] 药学305求调剂 +10 玛卡巴卡boom 2026-04-10 10/500 2026-04-14 15:55 by zs92450
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 食品与营养(0955)271求调剂 +15 升格阿达 2026-04-12 16/800 2026-04-14 13:18 by 浮若_安生
[考研] 一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂 5+5 chenny174 2026-04-10 37/1850 2026-04-14 07:39 by Abskk
[考研] 一志愿华南理工大学331分材料求调剂 +10 天下ww 2026-04-09 11/550 2026-04-13 23:25 by pies112
[考研] 0856专硕求调剂 希望是a区院校 +24 好好休息好不好 2026-04-09 27/1350 2026-04-13 22:22 by pies112
[考研] 302求调剂 +10 易!? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 303求调剂 +14 SereinQ 2026-04-10 15/750 2026-04-11 20:43 by 蓝云思雨
[考研] 0859,337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 22408调剂求助 +7 毂12 2026-04-09 9/450 2026-04-11 09:23 by 哦哦123
[考研] 346,工科0854求调剂,专硕 +7 moser233 2026-04-10 8/400 2026-04-11 08:52 by 猪会飞
[考研] 一志愿矿大,材料工程专硕314分,0856可调都可以 +15 无懈可击的巨人 2026-04-09 15/750 2026-04-10 18:10 by hmn_wj
[考研] 本9 一志愿西工大085601 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-10 16:57 by luoyongfeng
[考研] 298求调剂 +13 钉叮咚冬瓜 2026-04-09 13/650 2026-04-10 15:49 by jiajinhpu
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 13/650 2026-04-10 10:27 by liuhuiying09
信息提示
请填处理意见