应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » pymol作图，谢谢
51/1返回列表
查看: 1617  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] pymol作图，谢谢

请教大家，

用DS将小分子和蛋白对接后，存成mol2文件，然后期望能用pymol显示，但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就，所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开，是可以显示的


求解这是什么原因呢，再次谢谢您的帮助
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-04-27 13:47:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 15:15:22:
不是啊~我的意思是让你把保存的MOL2利用MVD转化为PDB,再用PYMOL打开就好了啊~

哦，明白了

试一下

3u
赞一下 回复此楼
7楼2011-04-27 17:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:03
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:36
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:47:06:
请教大家，

用DS将小分子和蛋白对接后，存成mol2文件，然后期望能用pymol显示，但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就，所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开，是可以显示的


求解这是什么原因 ...

就我所知，PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的，能不能试着保存成PDB格式呢？
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-27 13:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 13:49:48:
就我所知，PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的，能不能试着保存成PDB格式呢？

恩，是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白，所以。。。。。。
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-27 13:53:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
PSA(金币+5): 谢谢您的帮助 2011-04-27 14:56:51
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:21
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:20
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:53:55:
恩，是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白，所以。。。。。。

呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-27 14:23:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +5 yunziaaaaa 2026-03-01 6/300 2026-03-01 23:57 by ccp273206157
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分，求调剂 +5 wsl111 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:45 by 暮雨星晴
[考研] 275求调剂 +3 明远求学 2026-03-01 3/150 2026-03-01 22:29 by 刘兵
[考研] 0805总分292，求调剂 +7 幻想之殇 2026-03-01 7/350 2026-03-01 21:22 by 公瑾逍遥
[考研] 0856化工专硕求调剂 +12 董boxing 2026-03-01 12/600 2026-03-01 19:45 by 材子momo
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博！
[考研] 285求调剂 +8 满头大汗的学生 2026-02-28 8/400 2026-03-01 16:47 by caszguilin
[基金申请] 刚录用，没有期刊号，但是在线可看的论文可以放为代表作吗 10+3 arang1 2026-03-01 3/150 2026-03-01 16:43 by babero
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 311求调剂 +6 亭亭亭01 2026-03-01 6/300 2026-03-01 15:41 by 324616
[考研] 307求调剂 +5 wyyyqx 2026-03-01 5/250 2026-03-01 15:21 by Fff-1
[考研] 求调剂 +6 repeatt?t 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:37 by Sakura绘
[考研] 298求调剂 +9 人间唯你是清欢 2026-02-28 12/600 2026-03-01 14:23 by Ducount.Y
[考研] 材料284求调剂，一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[论文投稿] Optics letters投稿被拒求助 30+3 luckyry 2026-02-26 4/200 2026-03-01 09:06 by babero
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
[考研] 264求调剂 +3 巴拉巴拉根556 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:31 by gaoxiaoniuma
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 4/200 2026-02-28 19:45 by 路lyh123
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭