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汕头大学海洋科学接受调剂
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PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] pymol作图，谢谢

请教大家，

用DS将小分子和蛋白对接后，存成mol2文件，然后期望能用pymol显示，但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就，所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开，是可以显示的


求解这是什么原因呢，再次谢谢您的帮助
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1楼 2011-04-27 13:47:06
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:36
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:01
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 14:50:28:
MVD做的结果不好，恩好的，那我先试试

不是啊~我的意思是让你把保存的MOL2利用MVD转化为PDB,再用PYMOL打开就好了啊~
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6楼2011-04-27 15:15:22
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:03
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:36
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:47:06:
请教大家，

用DS将小分子和蛋白对接后，存成mol2文件，然后期望能用pymol显示，但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就，所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开，是可以显示的


求解这是什么原因 ...

就我所知，PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的，能不能试着保存成PDB格式呢？
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2楼2011-04-27 13:49:48
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 13:49:48:
就我所知，PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的，能不能试着保存成PDB格式呢？

恩，是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白，所以。。。。。。
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3楼2011-04-27 13:53:55
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
PSA(金币+5): 谢谢您的帮助 2011-04-27 14:56:51
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:21
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:20
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:53:55:
恩，是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白，所以。。。。。。

呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~
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4楼2011-04-27 14:23:13
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