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汕头大学海洋科学接受调剂
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PSA

专家顾问 (著名写手)

[求助] pymol作图,谢谢

请教大家,

用DS将小分子和蛋白对接后,存成mol2文件,然后期望能用pymol显示,但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就,所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开,是可以显示的


求解这是什么原因呢,再次谢谢您的帮助
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:36
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:01
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 14:50:28:
MVD做的结果不好,恩好的,那我先试试

不是啊~我的意思是让你把保存的MOL2利用MVD转化为PDB,再用PYMOL打开就好了啊~
6楼2011-04-27 15:15:22
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:03
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:36
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:47:06:
请教大家,

用DS将小分子和蛋白对接后,存成mol2文件,然后期望能用pymol显示,但是小分子和蛋白不能同时出现在一个窗口里就,所以。。。

把这个mol2文件用MVD软件打开,是可以显示的


求解这是什么原因 ...

就我所知,PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的,能不能试着保存成PDB格式呢?
2楼2011-04-27 13:49:48
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PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-27 13:49:48:
就我所知,PYMOL是可以打开PDB和MOL2格式的,能不能试着保存成PDB格式呢?

恩,是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白,所以。。。。。。
3楼2011-04-27 13:53:55
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
PSA(金币+5): 谢谢您的帮助 2011-04-27 14:56:51
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-27 15:30:21
PSA(金币+1): 2011-04-27 21:18:20
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-27 13:53:55:
恩,是这两种格式

但是DS不能存成PDB

用sybyl中的merge也没保存明白,所以。。。。。。

呵呵·~MVD就可以啊~输出的时候选择PDB就可以了~
4楼2011-04-27 14:23:13
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