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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)

[求助] pymol 小分子的叠合

请教大家,我对接了2个化合物进入2个PDB文件(靶点是一样的,也就是说同一靶点的2类小分子,当然PDB不同),想用pymol进行叠合(4个文件,即site和ligand各一对),2个site可以通过A--align--to molecule ……来实现,但是小分子ligand 通过此方法不行,请教如何让也实现小分子的叠合(site叠合site,ligand叠合ligand),谢谢!
不知道我有没有说明白,谢谢!
pymol 小分子的叠合
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once1015

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2013-10-10 10:11:00
我是让别的专业人员帮助弄的,我是个菜鸟,就是老师让叠合一下而已,不是专门研究计算机模拟的,不好意思了
他给我的解说是:把蛋白和分子当做一个整体去叠合,不要分开弄,就行了。...

请问楼主 你叠加后 怎么把 后面的一个配体和前面的一个蛋白 保存成一个PDB的呢?
5楼2013-10-10 11:46:17
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啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)

已解决,取消求助,谢谢!
2楼2013-10-09 18:26:01
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alarace

至尊木虫 (知名作家)

既然已经解决,lz何妨和大家分享一下解决的方法,多谢!
3楼2013-10-09 20:47:33
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啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by alarace at 2013-10-09 20:47:33
既然已经解决,lz何妨和大家分享一下解决的方法,多谢!

我是让别的专业人员帮助弄的,我是个菜鸟,就是老师让叠合一下而已,不是专门研究计算机模拟的,不好意思了
他给我的解说是:把蛋白和分子当做一个整体去叠合,不要分开弄,就行了。
4楼2013-10-10 10:11:00
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