应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请帮我用pymol做一个很简单的分子叠合吧，菜鸟我做了很久都叠不上
141/2返回列表12下一页
查看: 3289  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

totoro1992

新虫 (初入文坛)

[求助] 请帮我用pymol做一个很简单的分子叠合吧，菜鸟我做了很久都叠不上

将1BXL的572-586与2BID的85-101叠合。总是有线啊，叠不上
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-26 20:22:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
totoro1992: 金币+5 2013-05-26 23:30:48
chaizhm: 金币+1, 谢谢 已经简单看一遍了 2013-05-27 09:14:37
http://dl.vmall.com/c01l2nbqri
赞一下(1人) 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
6楼2013-05-26 23:04:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-05-27 09:15:15
可以用sybyl定义残基叠合
Biopolymer--Compare Structures--Fit Monomers
然后分别选择两个蛋白里需要叠合的残基，记住要一一对应，就是reference molecule里面是572-586依次的顺序molecule to fit里面就是85-101依次的顺序。
如果你一定要pymol出图的话把两个蛋白merge到同一个molecular area上然后保存pdb用pymol打开就好了
赞一下 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
2楼2013-05-26 21:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 21:15:22
可以用sybyl定义残基叠合
Biopolymer--Compare Structures--Fit Monomers
然后分别选择两个蛋白里需要叠合的残基，记住要一一对应，就是reference molecule里面是572-586依次的顺序molecule to fit里面就是85-101 ...

没有sybyl···
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-26 21:50:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 21:50:57
没有sybyl···...

572-586是15个，85-101是17个。。。个数不一样。。你能给我一一对应的残基么。。
赞一下 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
4楼2013-05-26 22:07:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 22:07:14
572-586是15个，85-101是17个。。。个数不一样。。你能给我一一对应的残基么。。...

572-587，86-101。
回复此楼
5楼2013-05-26 22:29:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 23:04:24
http://dl.vmall.com/c01l2nbqri

这个ms很正确！！请问这是肿么做到的呀，为什么pymol里叠合就会出现很多“线”，分子过不去···谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2013-05-26 23:14:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 23:14:28
这个ms很正确！！请问这是肿么做到的呀，为什么pymol里叠合就会出现很多“线”，分子过不去···谢谢...

不知道= =我不会用pymol叠。。这个就是按我上面说的方法用sybyl叠然后存成pdb的。。
赞一下 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
8楼2013-05-26 23:18:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 23:18:34
不知道= =我不会用pymol叠。。这个就是按我上面说的方法用sybyl叠然后存成pdb的。。...

不好意思啊，能再帮个忙么？刚才那个叠合，还需要用86,90,93,97与574,578.581,585叠合调节一下，而且我最后还得把1BXL换成另外一个同源分子，能不能不把两个分子merge在一起。实在麻烦你了，我pymol已经弄了2天都弄不好。金币都给你。谢谢
赞一下 回复此楼
9楼2013-05-26 23:30:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 23:30:36
不好意思啊，能再帮个忙么？刚才那个叠合，还需要用86,90,93,97与574,578.581,585叠合调节一下，而且我最后还得把1BXL换成另外一个同源分子，能不能不把两个分子merge在一起。实在麻烦你了，我pymol已经弄了2天都弄 ...

不merge的话我就只能存mol2给你了哦。。
你的意思是只用86、90、93、97四个残基进行叠合是么？？
赞一下 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
10楼2013-05-26 23:39:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 totoro1992 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭