应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请帮我用pymol做一个很简单的分子叠合吧，菜鸟我做了很久都叠不上
51/1返回列表
查看: 3550  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)

[求助] 请帮我用pymol做一个很简单的分子叠合吧，菜鸟我做了很久都叠不上

将1BXL的572-586与2BID的85-101叠合。总是有线啊，叠不上
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-26 20:22:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 23:30:36
不好意思啊，能再帮个忙么？刚才那个叠合，还需要用86,90,93,97与574,578.581,585叠合调节一下，而且我最后还得把1BXL换成另外一个同源分子，能不能不把两个分子merge在一起。实在麻烦你了，我pymol已经弄了2天都弄 ...

不merge的话我就只能存mol2给你了哦。。
你的意思是只用86、90、93、97四个残基进行叠合是么？？
赞一下 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
10楼2013-05-26 23:39:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-05-27 09:15:15
可以用sybyl定义残基叠合
Biopolymer--Compare Structures--Fit Monomers
然后分别选择两个蛋白里需要叠合的残基，记住要一一对应，就是reference molecule里面是572-586依次的顺序molecule to fit里面就是85-101依次的顺序。
如果你一定要pymol出图的话把两个蛋白merge到同一个molecular area上然后保存pdb用pymol打开就好了
赞一下 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
2楼2013-05-26 21:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 21:15:22
可以用sybyl定义残基叠合
Biopolymer--Compare Structures--Fit Monomers
然后分别选择两个蛋白里需要叠合的残基，记住要一一对应，就是reference molecule里面是572-586依次的顺序molecule to fit里面就是85-101 ...

没有sybyl···
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-26 21:50:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 21:50:57
没有sybyl···...

572-586是15个，85-101是17个。。。个数不一样。。你能给我一一对应的残基么。。
赞一下 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
4楼2013-05-26 22:07:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗？ 200+7 David1982 2026-10-13 11/550 2026-10-15 10:30 by zyqchem
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +11 Isak0320 2026-10-12 15/750 2026-10-14 21:55 by 猫鱼不是鱼
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+3 纳斯达克ML 2026-10-11 4/200 2026-10-14 17:30 by babero
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +4 好运来～9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭