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关于用Pymol做分子叠合已经有6人回复

1楼2013-05-26 20:22:06

http://dl.vmall.com/c01l2nbqri

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windf1ower

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★ ★ ★ ★ ★ ★
totoro1992: 金币+5 2013-05-26 23:30:48
chaizhm: 金币+1, 谢谢已经简单看一遍了 2013-05-27 09:14:37

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6楼2013-05-26 23:04:24

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windf1ower

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感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-05-27 09:15:15

可以用sybyl定义残基叠合
Biopolymer--Compare Structures--Fit Monomers
然后分别选择两个蛋白里需要叠合的残基，记住要一一对应，就是reference molecule里面是572-586依次的顺序molecule to fit里面就是85-101依次的顺序。
如果你一定要pymol出图的话把两个蛋白merge到同一个molecular area上然后保存pdb用pymol打开就好了

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2楼2013-05-26 21:15:22

totoro1992

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2楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 21:15:22
可以用sybyl定义残基叠合
Biopolymer--Compare Structures--Fit Monomers
然后分别选择两个蛋白里需要叠合的残基，记住要一一对应，就是reference molecule里面是572-586依次的顺序molecule to fit里面就是85-101 ...

没有sybyl···

3楼2013-05-26 21:50:57

windf1ower

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3楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 21:50:57
没有sybyl···...

572-586是15个，85-101是17个。。。个数不一样。。你能给我一一对应的残基么。。

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4楼2013-05-26 22:07:14

totoro1992

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4楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 22:07:14
572-586是15个，85-101是17个。。。个数不一样。。你能给我一一对应的残基么。。...

572-587，86-101。

5楼2013-05-26 22:29:43

totoro1992

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6楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 23:04:24
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这个ms很正确！！请问这是肿么做到的呀，为什么pymol里叠合就会出现很多“线”，分子过不去···谢谢

7楼2013-05-26 23:14:28

windf1ower

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7楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 23:14:28
这个ms很正确！！请问这是肿么做到的呀，为什么pymol里叠合就会出现很多“线”，分子过不去···谢谢...

不知道= =我不会用pymol叠。。这个就是按我上面说的方法用sybyl叠然后存成pdb的。。

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8楼2013-05-26 23:18:34

totoro1992

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8楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 23:18:34
不知道= =我不会用pymol叠。。这个就是按我上面说的方法用sybyl叠然后存成pdb的。。...

不好意思啊，能再帮个忙么？刚才那个叠合，还需要用86,90,93,97与574,578.581,585叠合调节一下，而且我最后还得把1BXL换成另外一个同源分子，能不能不把两个分子merge在一起。实在麻烦你了，我pymol已经弄了2天都弄不好。金币都给你。谢谢

9楼2013-05-26 23:30:36

windf1ower

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9楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 23:30:36
不好意思啊，能再帮个忙么？刚才那个叠合，还需要用86,90,93,97与574,578.581,585叠合调节一下，而且我最后还得把1BXL换成另外一个同源分子，能不能不把两个分子merge在一起。实在麻烦你了，我pymol已经弄了2天都弄 ...

不merge的话我就只能存mol2给你了哦。。
你的意思是只用86、90、93、97四个残基进行叠合是么？？

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10楼2013-05-26 23:39:27