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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请帮我用pymol做一个很简单的分子叠合吧，菜鸟我做了很久都叠不上
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totoro1992

新虫 (初入文坛)

[求助] 请帮我用pymol做一个很简单的分子叠合吧，菜鸟我做了很久都叠不上

将1BXL的572-586与2BID的85-101叠合。总是有线啊，叠不上
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1楼 2013-05-26 20:22:06
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windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
totoro1992: 金币+5 2013-05-26 23:30:48
chaizhm: 金币+1, 谢谢 已经简单看一遍了 2013-05-27 09:14:37
http://dl.vmall.com/c01l2nbqri
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6楼2013-05-26 23:04:24
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windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-05-27 09:15:15
可以用sybyl定义残基叠合
Biopolymer--Compare Structures--Fit Monomers
然后分别选择两个蛋白里需要叠合的残基，记住要一一对应，就是reference molecule里面是572-586依次的顺序molecule to fit里面就是85-101依次的顺序。
如果你一定要pymol出图的话把两个蛋白merge到同一个molecular area上然后保存pdb用pymol打开就好了
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2楼2013-05-26 21:15:22
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totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 21:15:22
可以用sybyl定义残基叠合
Biopolymer--Compare Structures--Fit Monomers
然后分别选择两个蛋白里需要叠合的残基，记住要一一对应，就是reference molecule里面是572-586依次的顺序molecule to fit里面就是85-101 ...

没有sybyl···
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3楼2013-05-26 21:50:57
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windf1ower

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 21:50:57
没有sybyl···...

572-586是15个，85-101是17个。。。个数不一样。。你能给我一一对应的残基么。。
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4楼2013-05-26 22:07:14
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totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 22:07:14
572-586是15个，85-101是17个。。。个数不一样。。你能给我一一对应的残基么。。...

572-587，86-101。
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5楼2013-05-26 22:29:43
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totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 23:04:24
http://dl.vmall.com/c01l2nbqri

这个ms很正确！！请问这是肿么做到的呀，为什么pymol里叠合就会出现很多“线”，分子过不去···谢谢
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7楼2013-05-26 23:14:28
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windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 23:14:28
这个ms很正确！！请问这是肿么做到的呀，为什么pymol里叠合就会出现很多“线”，分子过不去···谢谢...

不知道= =我不会用pymol叠。。这个就是按我上面说的方法用sybyl叠然后存成pdb的。。
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8楼2013-05-26 23:18:34
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totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-26 23:18:34
不知道= =我不会用pymol叠。。这个就是按我上面说的方法用sybyl叠然后存成pdb的。。...

不好意思啊，能再帮个忙么？刚才那个叠合，还需要用86,90,93,97与574,578.581,585叠合调节一下，而且我最后还得把1BXL换成另外一个同源分子，能不能不把两个分子merge在一起。实在麻烦你了，我pymol已经弄了2天都弄不好。金币都给你。谢谢
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9楼2013-05-26 23:30:36
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windf1ower

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-26 23:30:36
不好意思啊，能再帮个忙么？刚才那个叠合，还需要用86,90,93,97与574,578.581,585叠合调节一下，而且我最后还得把1BXL换成另外一个同源分子，能不能不把两个分子merge在一起。实在麻烦你了，我pymol已经弄了2天都弄 ...

不merge的话我就只能存mol2给你了哦。。
你的意思是只用86、90、93、97四个残基进行叠合是么？？
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10楼2013-05-26 23:39:27
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