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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » pymol 小分子的叠合
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啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)

[求助] pymol 小分子的叠合

请教大家，我对接了2个化合物进入2个PDB文件（靶点是一样的，也就是说同一靶点的2类小分子，当然PDB不同），想用pymol进行叠合（4个文件，即site和ligand各一对），2个site可以通过A--align--to molecule ……来实现，但是小分子ligand 通过此方法不行，请教如何让也实现小分子的叠合（site叠合site，ligand叠合ligand）,谢谢！
不知道我有没有说明白，谢谢！
pymol 小分子的叠合
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1楼2013-10-08 22:09:41
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alarace at 2013-10-09 20:47:33
既然已经解决，lz何妨和大家分享一下解决的方法，多谢！

我是让别的专业人员帮助弄的，我是个菜鸟，就是老师让叠合一下而已，不是专门研究计算机模拟的，不好意思了
他给我的解说是：把蛋白和分子当做一个整体去叠合，不要分开弄，就行了。
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4楼2013-10-10 10:11:00
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普通回帖

啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)
已解决，取消求助，谢谢！
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2楼2013-10-09 18:26:01
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alarace

至尊木虫 (知名作家)
既然已经解决，lz何妨和大家分享一下解决的方法，多谢！
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3楼2013-10-09 20:47:33
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once1015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2013-10-10 10:11:00
我是让别的专业人员帮助弄的，我是个菜鸟，就是老师让叠合一下而已，不是专门研究计算机模拟的，不好意思了
他给我的解说是：把蛋白和分子当做一个整体去叠合，不要分开弄，就行了。...

请问楼主 你叠加后 怎么把 后面的一个配体和前面的一个蛋白 保存成一个PDB的呢？
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5楼2013-10-10 11:46:17
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alarace

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2013-10-10 10:11:00
我是让别的专业人员帮助弄的，我是个菜鸟，就是老师让叠合一下而已，不是专门研究计算机模拟的，不好意思了
他给我的解说是：把蛋白和分子当做一个整体去叠合，不要分开弄，就行了。...

多谢lz，方便的话把叠合好的图片发上来欣赏一下吧。
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6楼2013-10-10 12:11:22
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fengxinzi78

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by once1015 at 2013-10-10 11:46:17
请问楼主 你叠加后 怎么把 后面的一个配体和前面的一个蛋白 保存成一个PDB的呢？...

叠加后应该是不能保存为pdb格式的，而是pdbqt格式的文件，需要用转换软件转为pdb格式吧
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Acontentedmindisaperpetualfeast!
7楼2013-10-10 14:47:21
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bao65662

新虫 (初入文坛)
请问小分子ligand文件哪里下载？谢谢
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8楼2014-04-30 11:02:37
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啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-16 18:53:42
引用回帖:
8楼: Originally posted by bao65662 at 2014-04-30 11:02:37
请问小分子ligand文件哪里下载？谢谢

不是下载的，是从PDB文件中提取的
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9楼2014-05-07 15:57:49
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sunshine???

新虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2014-05-07 15:57:49
不是下载的，是从PDB文件中提取的...

我也遇到这种问题了，一个蛋白晶体结构没有配体，一个晶体结构有配体，让这两个晶体结构叠合比较容易。但是，我自己设计了一个小分子，想要和已经有晶体结构中的小分子进行叠合该怎么处理呢？

发自小木虫Android客户端
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10楼2019-11-30 10:22:14
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