应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » pymol 小分子的叠合
161/2返回列表12下一页
查看: 4830  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)

[求助] pymol 小分子的叠合

请教大家，我对接了2个化合物进入2个PDB文件（靶点是一样的，也就是说同一靶点的2类小分子，当然PDB不同），想用pymol进行叠合（4个文件，即site和ligand各一对），2个site可以通过A--align--to molecule ……来实现，但是小分子ligand 通过此方法不行，请教如何让也实现小分子的叠合（site叠合site，ligand叠合ligand）,谢谢！
不知道我有没有说明白，谢谢！
pymol 小分子的叠合
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-10-08 22:09:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alarace at 2013-10-09 20:47:33
既然已经解决，lz何妨和大家分享一下解决的方法，多谢！

我是让别的专业人员帮助弄的，我是个菜鸟，就是老师让叠合一下而已，不是专门研究计算机模拟的，不好意思了
他给我的解说是：把蛋白和分子当做一个整体去叠合，不要分开弄，就行了。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-10-10 10:11:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)
已解决，取消求助，谢谢！
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-09 18:26:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alarace

至尊木虫 (知名作家)
既然已经解决，lz何妨和大家分享一下解决的方法，多谢！
赞一下 回复此楼
3楼2013-10-09 20:47:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

once1015

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2013-10-10 10:11:00
我是让别的专业人员帮助弄的，我是个菜鸟，就是老师让叠合一下而已，不是专门研究计算机模拟的，不好意思了
他给我的解说是：把蛋白和分子当做一个整体去叠合，不要分开弄，就行了。...

请问楼主 你叠加后 怎么把 后面的一个配体和前面的一个蛋白 保存成一个PDB的呢？
赞一下 回复此楼
5楼2013-10-10 11:46:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alarace

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2013-10-10 10:11:00
我是让别的专业人员帮助弄的，我是个菜鸟，就是老师让叠合一下而已，不是专门研究计算机模拟的，不好意思了
他给我的解说是：把蛋白和分子当做一个整体去叠合，不要分开弄，就行了。...

多谢lz，方便的话把叠合好的图片发上来欣赏一下吧。
赞一下 回复此楼
6楼2013-10-10 12:11:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengxinzi78

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by once1015 at 2013-10-10 11:46:17
请问楼主 你叠加后 怎么把 后面的一个配体和前面的一个蛋白 保存成一个PDB的呢？...

叠加后应该是不能保存为pdb格式的，而是pdbqt格式的文件，需要用转换软件转为pdb格式吧
赞一下 回复此楼
Acontentedmindisaperpetualfeast!
7楼2013-10-10 14:47:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bao65662

新虫 (初入文坛)
请问小分子ligand文件哪里下载？谢谢
赞一下 回复此楼
8楼2014-04-30 11:02:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

啄木鸟NO.1

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-16 18:53:42
引用回帖:
8楼: Originally posted by bao65662 at 2014-04-30 11:02:37
请问小分子ligand文件哪里下载？谢谢

不是下载的，是从PDB文件中提取的
赞一下 回复此楼
9楼2014-05-07 15:57:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunshine???

新虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 啄木鸟NO.1 at 2014-05-07 15:57:49
不是下载的，是从PDB文件中提取的...

我也遇到这种问题了，一个蛋白晶体结构没有配体，一个晶体结构有配体，让这两个晶体结构叠合比较容易。但是，我自己设计了一个小分子，想要和已经有晶体结构中的小分子进行叠合该怎么处理呢？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2019-11-30 10:22:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 啄木鸟NO.1 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 13:09 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:29 by eObJPa4gWmp6
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:40 by eObJPa4gWmp6
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:20 by eObJPa4gWmp6
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题 +10 瞬息宇宙 2026-09-01 19/950 2026-09-06 11:15 by jiangxuan2004
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 7/350 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 4/200 2026-09-06 07:20 by E1iiBLMU2XnD
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 7ZYIEW2YWn72 2026-09-04 9/450 2026-09-06 06:00 by E1iiBLMU2XnD
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 CRJ0Aq2FtVH0 2026-09-03 15/750 2026-09-06 05:48 by E1iiBLMU2XnD
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 5/250 2026-09-06 02:39 by E1iiBLMU2XnD
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 5/250 2026-09-06 02:19 by E1iiBLMU2XnD
[基金申请] 面上没中，邀请各位路过的虫友分析一下分数 +12 jackleilei 2026-09-03 13/650 2026-09-05 18:10 by fireguard
[文学芳草园] 两块石头 +6 阿美_Lml888 2026-09-03 8/400 2026-09-05 13:52 by 阿美_Lml888
[文学芳草园] 初秋的晨风 +4 阿美_Lml888 2026-09-04 6/300 2026-09-05 13:51 by 阿美_Lml888
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +6 瞬息宇宙 2026-08-31 9/450 2026-09-05 13:11 by haizai99
[硕博家园] Ei源刊怎么投 +4 Fengshun9711 2026-09-04 4/200 2026-09-04 19:30 by 研途知予
[硕博家园] 哈尔滨工业大学韩晓军教授课题组招收2027年硕士推免生及博士研究生 +3 灯灯灯灯DDDD 2026-09-03 3/150 2026-09-03 21:22 by 科研皮皮猪
[基金申请] 要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭