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空格格空

新虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树构建结果和BLAST结果有出入

各位大神，我将一个真菌的序列在BLAST中比对了，结果最高的是100%，但是在MEGA5.0中用ML法构建系统发育树时，不能和同源的序列归到一起去，相差甚远，甚至不再一个科中。这到底是什么原因？有没有解决的办法？
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1楼 2013-09-28 17:30:53
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+2, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-09-30 21:41:25
Blast比对的时候不光看相似程度的,还要看到底比对的序列覆盖了多少, 似乎有一个参数会告诉你比对的序列占总体的百分之多少
或许是我不太会用blast, 但我印象里如果你什么参数都不改的话,有时候Blast程序不会比对全部序列,对于根本没有相似度的部分序列,似乎程序完全不考虑....
所以结果就是给的相似度数值很高,但其实只是一部分片断那么高相似度
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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2013-09-28 22:37:09
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