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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 做细菌16SrRNA测序后的分析

现在我拿到了16S序列,一条是上游引物的,一条是下游引物的

我需要拼接后再上传NCBI吗?怎么拼接呢?
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

也是可以的,但是没有那个软件好。
4楼2013-09-24 13:15:36
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-09-25 11:42:09
zhangxingc: 金币+2, ★★★很有帮助, 感谢应助 2013-11-22 09:42:09
用ContigExpress软件可以进行拼接。
导入序列之后进行比对拼接,然后手动的进行拼接中碱基识别有问题的地方。
序列弄好了之后,到处即可。
2楼2013-09-24 11:45:50
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xiadongliang at 2013-09-24 11:45:50
用ContigExpress软件可以进行拼接。
导入序列之后进行比对拼接,然后手动的进行拼接中碱基识别有问题的地方。
序列弄好了之后,到处即可。

用DNAman拼接可以吗
IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
3楼2013-09-24 12:58:45
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gswyhq

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-09-25 11:42:18
zhangxingc: 金币+2, ★★★很有帮助, 有创意,哈哈 2013-11-22 09:42:42
话说当年,我用一对理论测序碱基数为1500个左右的引物双链测序,每条链测序碱基数不足1300。我首先想到用软件拼接。但想到自己就一个菌,还要下载软件,安装等等,太麻烦。于是乎打开word、excel等。倒置排序,A与T互换,C与G互换。手工拼接好了。
5楼2013-09-24 14:06:34
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