24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 206 (大学生)
贵宾: 0.06
金币: 10202.4
散金: 233
红花: 24
沙发: 34
帖子: 1933
在线: 292.3小时
虫号: 682324
注册: 2008-12-26
性别: GG
专业: 食品科学基础

[求助] 做细菌16SrRNA测序后的分析

现在我拿到了16S序列，一条是上游引物的，一条是下游引物的

我需要拼接后再上传NCBI吗？怎么拼接呢？

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

蛋白表达不出来，是什么原因造成的已经有7人回复
细菌种属的鉴定（系统发育树）--急用已经有13人回复
功能基因与16s rRNA基因已经有3人回复
16SrRNA（1540bp）全长菌落PCR后进行检测得到的条带基本上都接近2000bp，这是为什么？已经有10人回复
16SDNA-PCR产物测序结果拿到后该如何处理？已经有5人回复
菌种鉴定的问题已经有10人回复
菌种鉴定除了做相关生理生化实验，有木有简单点的方法？已经有12人回复
16SrRNA测序有结果，就说明是单菌吗？已经有11人回复
菌种鉴定的费用悬殊？鉴定内容却…？请教各位前辈啊。已经有26人回复
镰刀菌种的鉴定已经有10人回复
细菌16s pcr原液测序问题已经有7人回复
关于乳酸菌16srRNA测序的问题已经有11人回复
青枯菌半选择性培养基---TTC培养基，你信几分？已经有13人回复
【求助/交流】哪里可以做细菌菌种鉴定？已经有16人回复
【求助/交流】关于16srRNA菌种鉴定问题已经有14人回复
【原创】16S rRNA鉴定已经有10人回复
【求助/交流】16srDNA和16srRNA是两不同概念吗？已经有27人回复

IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't

1楼 2013-09-24 11:04:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 206 (大学生)
贵宾: 0.06
金币: 10202.4
散金: 233
红花: 24
沙发: 34
帖子: 1933
在线: 292.3小时
虫号: 682324
注册: 2008-12-26
性别: GG
专业: 食品科学基础

引用回帖:

2楼: Originally posted by xiadongliang at 2013-09-24 11:45:50
用ContigExpress软件可以进行拼接。
导入序列之后进行比对拼接，然后手动的进行拼接中碱基识别有问题的地方。
序列弄好了之后，到处即可。

用DNAman拼接可以吗

赞一下

回复此楼

IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't

3楼2013-09-24 12:58:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 206 (大学生)
贵宾: 0.06
金币: 10202.4
散金: 233
红花: 24
沙发: 34
帖子: 1933
在线: 292.3小时
虫号: 682324
注册: 2008-12-26
性别: GG
专业: 食品科学基础

引用回帖:

5楼: Originally posted by gswyhq at 2013-09-24 14:06:34
话说当年，我用一对理论测序碱基数为1500个左右的引物双链测序，每条链测序碱基数不足1300。我首先想到用软件拼接。但想到自己就一个菌，还要下载软件，安装等等，太麻烦。于是乎打开word、excel等。倒置排序，A与T ...

确实牛*
我的碱基数和你的一样，请教A与T互换，C与G互换，这个是纯手工制作吗？成本一定很高吧