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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 做细菌16SrRNA测序后的分析
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 做细菌16SrRNA测序后的分析

现在我拿到了16S序列，一条是上游引物的，一条是下游引物的

我需要拼接后再上传NCBI吗？怎么拼接呢？
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
1楼 2013-09-24 11:04:42
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-09-25 11:42:09
zhangxingc: 金币+2, ★★★很有帮助, 感谢应助 2013-11-22 09:42:09
用ContigExpress软件可以进行拼接。
导入序列之后进行比对拼接，然后手动的进行拼接中碱基识别有问题的地方。
序列弄好了之后，到处即可。
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2楼2013-09-24 11:45:50
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiadongliang at 2013-09-24 11:45:50
用ContigExpress软件可以进行拼接。
导入序列之后进行比对拼接，然后手动的进行拼接中碱基识别有问题的地方。
序列弄好了之后，到处即可。

用DNAman拼接可以吗
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
3楼2013-09-24 12:58:45
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

也是可以的，但是没有那个软件好。
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4楼2013-09-24 13:15:36
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gswyhq

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-09-25 11:42:18
zhangxingc: 金币+2, ★★★很有帮助, 有创意，哈哈 2013-11-22 09:42:42
话说当年，我用一对理论测序碱基数为1500个左右的引物双链测序，每条链测序碱基数不足1300。我首先想到用软件拼接。但想到自己就一个菌，还要下载软件，安装等等，太麻烦。于是乎打开word、excel等。倒置排序，A与T互换，C与G互换。手工拼接好了。
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5楼2013-09-24 14:06:34
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gswyhq at 2013-09-24 14:06:34
话说当年，我用一对理论测序碱基数为1500个左右的引物双链测序，每条链测序碱基数不足1300。我首先想到用软件拼接。但想到自己就一个菌，还要下载软件，安装等等，太麻烦。于是乎打开word、excel等。倒置排序，A与T ...

确实牛*
我的碱基数和你的一样，请教A与T互换，C与G互换，这个是纯手工制作吗？成本一定很高吧
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
6楼2013-09-25 09:17:02
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iayala

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-09-28 22:41:18
zhangxingc: 金币+1, ★有帮助, 感谢应助 2013-11-22 09:42:53
拼接的话，sequencer挺好的，具体怎么用，网上搜一下。
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7楼2013-09-25 10:10:14
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gswyhq

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangxingc at 2013-09-25 09:17:02
确实牛*
我的碱基数和你的一样，请教A与T互换，C与G互换，这个是纯手工制作吗？成本一定很高吧
...

word不是有查找、替换功能嘛，设置成区分大小写。A替换为t，T替换为a，G替换为c，C替换为g。这样既不重复，也不遗漏。三分钟之内即可搞定！
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8楼2013-09-25 11:01:38
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gswyhq at 2013-09-25 11:01:38
word不是有查找、替换功能嘛，设置成区分大小写。A替换为t，T替换为a，G替换为c，C替换为g。这样既不重复，也不遗漏。三分钟之内即可搞定！...

呀，忘了，哈哈，是个好办法
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
9楼2013-09-25 11:17:43
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ruinrose

新虫 (初入文坛)
★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-09-28 22:41:24
也可以试试用软件Primer 5 ，序列输入后点击反向互补序列，就可以得到你想要的那条序列了。
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10楼2013-09-26 11:54:04
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