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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 用16s rDNA与16s rRNA的测序做土壤微生物多样性有什么区别？
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lunalovehj

木虫 (小有名气)

[求助] 用16s rDNA与16s rRNA的测序做土壤微生物多样性有什么区别？

最近读了好多关于土壤微生物多样性研究的文章，大多都是要用16s rRNA测序来做的，大多都是谱了一张以“门”为分类阶元的图，表示微生物的组成。
但是有个测序公司的人想跟我们签订16s rDNA测序的合同，宣传说也可以研究土壤群落结构多样性，那么这两者测出来有什么差别呢？
我们实验室才开始接触分子试验，所以有好多理论都不懂，请各位不吝赐教呀~~
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1楼 2013-09-17 21:00:01
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lunalovehj: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-09-18 16:49:58
laozuzunzhe: 金币+3, good！ 2013-09-18 18:04:26
16S rDNA测的是所有细菌的（包括活菌和死菌）；16S rRNA测的是现存的活的细菌。
解释：DNA是比较稳定的，有些细菌死亡后，DNA仍存在于土壤之中。而RNA不稳定，很容易被分解，你提到的RNA就说明是现存的活菌的，因此RNA更能说明土壤微生物的多样性。不过，貌似从土壤中去提RNA真的不太好提。。
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lunalovehj
2楼2013-09-18 13:17:24
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lunalovehj

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 肥猫p at 2013-09-18 13:17:24
16S rDNA测的是所有细菌的（包括活菌和死菌）；16S rRNA测的是现存的活的细菌。
解释：DNA是比较稳定的，有些细菌死亡后，DNA仍存在于土壤之中。而RNA不稳定，很容易被分解，你提到的RNA就说明是现存的活菌的，因此 ...

还想问问这家测序公司说的是PCR扩增V4全长，我在查阅一些资料中会有说V5、V8等等这些区，那么这些区之间有什么差异，不同的区会不会被大众认可呢？

最后，用16s rDNA测出来的数据去说明土壤微生物的多样性有可发表性么？
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3楼2013-09-18 16:57:20
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