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花千树豆一颗

新虫 (初入文坛)

[求助] DGGE新手求助

小木虫新手,DGGE新手求助!
样品:16S rRNA基因V3片段扩增 分别为两个不同的样品
胶:8%胶,梯度浓度27%-52%
跑胶:150V,4小时
染色:EB染色
第一次做DGGE,结果如下,急求助两个问题,望高手赐教!
1 条带不是很明显,不sharp,为什么呢?如果是因为EB敏感性不够高的话,用SYBR,Gelstain,还是银染哪个方法更好呢?
2 paper上报到最好的方法是电压*时间=1000,但是我如果跑更久时间的话,似乎会跑出胶去。这两张图片跑胶的程度为蓝色的溴酚蓝刚刚跑出胶。达不到那个公式,这是什么原因造成的呢?
多谢高手指点,不甚感激啊!~
DGGE新手求助
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DGGE新手求助-1
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开云者

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你最好把全图发上来,我好给你分析分析。只能简单的看出 可能你的胶的浓度太大,结果带就分不开;如果还是太亮太密的话,把点样量降低,点25微升试试
挥霍不起青春
2楼2013-08-28 11:42:09
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花千树豆一颗

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
多多感谢啊,因为第一次做,只用了两个sample,这个就是全图了。今天再做一次

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2013-08-28 15:22:09
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开云者

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 花千树豆一颗 at 2013-08-28 15:22:09
多多感谢啊,因为第一次做,只用了两个sample,这个就是全图了。今天再做一次

你把下游的浓度挑低
挥霍不起青春
4楼2013-08-28 20:20:34
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