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zhousf0114

铜虫 (初入文坛)

[求助] 基因表达问题

各位虫友好:
我想问一下,我的基因终止密码后面无意的又加入了一个终止密码子,然后后面是完整的3‘UTR序列,这样的话会对表达效率造成影响吗?因为我选用的是自主型表达的启动子。
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-06-26 12:54:13
gyesang: 回帖置顶 2013-06-26 12:54:23
zhousf0114: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-26 15:28:22
目前对于翻译的终止密码子的文献好像不是很强调多个终止密码子之间会有相互干扰,我没有看到过此类材料,除非更靠近3’末端的终止密码子会参与形成特定的二级结构,并且这样的二级结构足以影响前一个终止密码子的所在区域形成新的二级结构,或者说形成Riboswitch,不过至少在原核细胞中Riboswitch多在5'-UTR,在植物细胞中倒是有在3'-UTR形成Riboswitch的。但是即使形成了Riboswitch,没有小分子的效应物----SAM,TPP等,Riboswitch的构象也不会发生改变而调节翻译起始。Riboswitch对RNA的二级结构的要求还是很高的,只加入一个终止密码子不太可能形成新的Riboswitch。
至于会不会引起translational hopping 和 改变splicing ,着我就不知道了,但是translational hopping 和splicing 也是对于RNA的二级结构有一定的要求,只加入一个终止密码子不太可能形成新的translational hopping 和splicing 。
楼主可以做试验试一下。
6楼2013-06-25 20:39:58
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普通回帖

Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你为什么还要把3'utr加上呢?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2013-06-25 09:25:04
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xl0071334

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
应该没事的,你可以尝试表达一下,看看效果!
3楼2013-06-25 10:48:32
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zhousf0114

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Fleaves at 2013-06-25 09:25:04
你为什么还要把3'utr加上呢?

你好,不好意思现在才回复你。这个3‘utr我指的是和5’utr相应的。具体来说,我的基因是想在bla启动子下启动表达的,所以我把某个质粒上的氨苄青霉素基因给替换成我所要表达的基因,然后把整个包括氨苄抗性标记前面的启动子加上5‘utr序列和后面的包括终止子序列的3’utr序列,还有我所要表达的基因一并用重叠pcr连接起来,把它连接到我所需的表达载体上进行表达的。但是设计引物的时候粗心大意在目的基因终止密码后面引入了另外一个种子密码子。所以不知道影不影响翻译效率什么的
4楼2013-06-25 19:04:50
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zhousf0114

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xl0071334 at 2013-06-25 10:48:32
应该没事的,你可以尝试表达一下,看看效果!

谢谢你,我会的
5楼2013-06-25 19:06:07
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

目前对于翻译的终止密码子的文献好像不是很强调多个终止密码子之间会有相互干扰,一般就是第一个终止密码子(最为靠近5’末端)能够起到中止翻译的作用。

但是实际上也许不是一定会如此。

如果第一个终止密码子与3’-UTR的间距与一般情况下的平均间距不是差得较多的话。但是如果更加最为靠近5’末端的那个终止密码子对于3’-UTR的有关茎环结构离得很远(超过2个以上的核糖体的最大宽度),而更靠近3’末端的那个终止密码子对于3’-UTR的有关茎环结构离得比较适当(大致在1个核糖体的最大宽度之内),那么核糖体到底选择哪个终止密码子可能就有一定的概率问题,既可能会选择更靠近3’末端的那个终止密码子的密码子,怎可能不是一个热力学问题,而是动力学问题。
7楼2013-06-25 20:50:47
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zhousf0114

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-06-25 20:39:58
目前对于翻译的终止密码子的文献好像不是很强调多个终止密码子之间会有相互干扰,我没有看到过此类材料,除非更靠近3’末端的终止密码子会参与形成特定的二级结构,并且这样的二级结构足以影响前一个终止密码子的所 ...

谢谢你啊,看你的答复,对非编码区的了解又加深了啊,高人啊
8楼2013-06-26 15:28:12
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zhousf0114

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-06-25 20:50:47
目前对于翻译的终止密码子的文献好像不是很强调多个终止密码子之间会有相互干扰,一般就是第一个终止密码子(最为靠近5’末端)能够起到中止翻译的作用。

但是实际上也许不是一定会如此。

如果第一个终止密码 ...

谢谢你哈
9楼2013-06-26 15:28:40
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zhousf0114 at 2013-06-26 15:28:12
谢谢你啊,看你的答复,对非编码区的了解又加深了啊,高人啊...

不是高人,只是碰巧略知一二。
10楼2013-06-26 15:35:18
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