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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 查找保守序列的问题
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O天琊O

银虫 (小有名气)

[求助] 查找保守序列的问题

查找某种细菌的一个特定基因，在NCBI上找到了这种细菌不同亚种（菌株）的该目的基因，在每个条目中的“ partial cds ”和 “complete cds” 是不是表示该条目所给出的序列分别是该基因的 “部分保守序列” 和 “全部保守序列” 呢？倘若我要找到这种细菌的该基因的保守区，是不是需要将NCBI上所列举的几乎所有（或者也用不了那么多）序列进行比对后，高度一致的序列就是该基因的保守区呢？倘若要检测这种细菌，是不是主要检测这段高度一致的序列就可以啦？大家常用的序列对比软件有哪些呢？                       PS：我所找的这个基因是目前检测该种细菌常用的基因
   请大家给我解答，50金币奉上，当然只送给那些能够给我解惑的人！多谢各位啦~~~
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没有什么不可以
1楼 2013-06-19 10:40:13
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wujiangjack

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
O天琊O(myprayer代发): 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-20 09:12:43
不是，这是指有的有全部的cds，有的只有部分cds
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2楼2013-06-19 14:46:48
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O天琊O

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wujiangjack at 2013-06-19 14:46:48
不是，这是指有的有全部的cds，有的只有部分cds

那如果找保守序列呢，该怎么办，用哪种呀？
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没有什么不可以
3楼2013-06-20 21:46:38
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wujiangjack

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

比对的时候，看到完全相同的区域就是保守序列啊
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4楼2013-06-22 15:54:29
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O天琊O

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wujiangjack at 2013-06-22 15:54:29
比对的时候，看到完全相同的区域就是保守序列啊

怎么比对呀
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没有什么不可以
5楼2013-06-23 09:36:10
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wujiangjack

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
O天琊O: 金币+10, ★★★很有帮助, 我自己摸索出通过引物找目的序列的方法了，不过还是谢谢你哈 2013-06-24 19:13:41
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-24 21:36:48
用软件，比如clustalxl等很多的，比对完了就可以看出保守序列了，然后就可以设计引物做3'或者5'race了
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6楼2013-06-24 08:56:43
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