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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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woshiai

银虫 (小有名气)

[求助] 如何寻找并下载所有miRNA

想用RNAhybrid预测已知基因与哪些miRNA可能相互作用，但是不知道怎么下载所有的miRNA，用miRbase可以吗，怎么点download中的miRNA.dat另存为，怎么老是存不下来呢，是不是我方法错误？
希望明白人教教俺啊！
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1楼 2012-11-09 14:46:16
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 非常详细的回答 2012-11-12 07:57:18
woshiai: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，还有些问题请教啊 2012-11-12 11:08:25
miRbase即可，那个miRNA.dat是EMBL格式的哦，请注意。如果要下fasta格式的，下面有hairpin.fa和mature.fa，分别是fasta格式的发夹序列和成熟体序列。
点了无法下载，我认为是你的浏览器或者网络的问题（比如网速太慢，你们学校网关封ftp？），换个时间段再试试或者换个网络试试，我这边正常下载的。
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2楼2012-11-10 14:38:13
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woshiai

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-11-10 14:38:13
miRbase即可，那个miRNA.dat是EMBL格式的哦，请注意。如果要下fasta格式的，下面有hairpin.fa和mature.fa，分别是fasta格式的发夹序列和成熟体序列。
点了无法下载，我认为是你的浏览器或者网络的问题（比如网速太 ...

如果我想用RNAhybrid找寻与之相匹配的miRNA,应该用FAst用a格式，那我应该用hairpin.fa还是mature.fa呢，hairpin.fa和mature.fa有什么差别？
我还是下不了，看样子得换个网路试试啦
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3楼2012-11-12 14:01:48
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
woshiai: 金币+5, ★有帮助, 谢谢 2012-11-13 10:49:33
如果是基于保守序列的比对，我一般是两个都跑一下 然后综合起来看看结果
RNAhybrid没用过，是预测miRNA target的吧，这个就不清楚具体用哪个db了
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4楼2012-11-12 16:18:09
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woshiai

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-11-12 16:18:09
如果是基于保守序列的比对，我一般是两个都跑一下 然后综合起来看看结果
RNAhybrid没用过，是预测miRNA target的吧，这个就不清楚具体用哪个db了

那怎么确定一个序列的保守序列呢？我都用的3‘UTR区
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5楼2012-11-13 10:50:13
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晨曦悠悠

新虫 (初入文坛)
请问怎么下载所有已知的植物的miRNA成熟体序列？新手。。。。
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6楼2015-04-30 19:55:37
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