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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER关于MD过程固定蛋白分子中心的参数设置问题
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帅帅@

金虫 (小有名气)

[求助] AMBER关于MD过程固定蛋白分子中心的参数设置问题

本人用Pmemd做分子动力学模拟，可能是起初in文件并未设置固定蛋白中心参数的原因，在随后跑的过程中蛋白分子的部分区域跑出水盒。由于周期边界条件设置跑出水盒的部分又从另一侧出现，因此在对C@进行RMSD分析的图谱出簇升簇降现象，翻看Amber Tool说明发现RMSD分析有将蛋白固定中心的center语句，所以重新对轨迹进行RMSD分析时在导入轨迹后特意加上了：

center @CA mass origin
image origin center  

两句但是RMSD分析数值和未加以上两句并未发生变化，图谱依旧出簇升簇降。请问是我的center语句相关参数设置不太恰当仍可通过分析时加上固定中心的语句弥补轨迹的缺陷，还是这条轨迹就直接不能用了需要重新跑？如果重新跑设置什么语句可以在MD过程中不跑出边界？

谢谢！
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1楼 2013-04-06 10:43:39
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lccbat

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
帅帅@: 金币+1, ★有帮助, 用处不是很大，但是还是非常感谢。。。 2013-04-08 13:32:47
1 CA RMSD 曲线有波动很正常，波动的范围比较重要，对于一个较短的轨迹，应该波动幅度不大
2 center和image命令对RMSD没有影响
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2楼2013-04-06 20:37:00
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