| 查看: 1016 | 回复: 1 | ||
[求助]
AMBER关于MD过程固定蛋白分子中心的参数设置问题
|
|
本人用Pmemd做分子动力学模拟，可能是起初in文件并未设置固定蛋白中心参数的原因，在随后跑的过程中蛋白分子的部分区域跑出水盒。由于周期边界条件设置跑出水盒的部分又从另一侧出现，因此在对C@进行RMSD分析的图谱出簇升簇降现象，翻看Amber Tool说明发现RMSD分析有将蛋白固定中心的center语句，所以重新对轨迹进行RMSD分析时在导入轨迹后特意加上了： center @CA mass origin image origin center 两句但是RMSD分析数值和未加以上两句并未发生变化，图谱依旧出簇升簇降。请问是我的center语句相关参数设置不太恰当仍可通过分析时加上固定中心的语句弥补轨迹的缺陷，还是这条轨迹就直接不能用了需要重新跑？如果重新跑设置什么语句可以在MD过程中不跑出边界？ 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
窗边初夏的小雨
已经有6人回复
-
2026年申博-电池方向
已经有11人回复
-
26年申博自荐-计算机视觉
已经有4人回复
-
导师各种操作恶心咋办
已经有8人回复
-
2026博士申请求助
已经有5人回复
-
研究生做的很差，你们会让毕业吗？
已经有11人回复
-
求碳排放博导；方向是LCA、生命周期可持续发展以及碳排放
已经有7人回复
-
2026博士或科研助理转27年博士
已经有7人回复
-
国自科送审了吗
已经有11人回复
-
博士招生
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟（Amber）
已经有6人回复
- amber中nmode 提取文件问题
已经有3人回复
- amber跑蛋白复合物动力学前，小分子用高斯如何处理
已经有7人回复
- 各位大侠来帮忙，含金属离子的蛋白质进行分子动力学，怎么获得金属离子的参数信息啊
已经有5人回复
- LAMMPS是否适用于研究小型有机分子的溶剂效应？
已经有4人回复
- ATP分子力场参数怎么做
已经有4人回复
- 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
已经有7人回复
- opls下L-J参数转换成amber下L-J参数的问题
已经有9人回复
- 求助关于蛋白质脱盐的问题
已经有11人回复
- 请教做MD计算时，蛋白质分子有一部分跑出水盒子
已经有9人回复
- 新手想知道如何用Amber做蛋白质分子固定某两个或多个氨基酸距离的MD计算
已经有4人回复
- 什么原因可能会引起MD时蛋白构象没有变化？
已经有5人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【讨论】蛋白质上的非正常氨基酸残基参数如何确定
已经有3人回复
- 【求助/交流】关于ELISA中，使用封闭蛋白的问题
已经有8人回复
- 【求助/交流】关于分子筛纯化蛋白的问题
已经有5人回复
- 【求助】做MD时，溶剂盒子应该加多大算合适呢？
已经有6人回复
2楼2013-04-06 20:37:00