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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接的评价问题
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asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接的评价问题

我做的是蛋白与小分子对接
我想请教如何评价分子对接是否可靠，是否稳定？
如何比较不同的小分子对统一蛋白的结合能力或者亲和力
在DS上是哪一个模块实现这个功能。。。
谢谢
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1楼 2013-04-03 14:41:42
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我没怎么用过DS，但是在protein-ligand的对接评价中，你可以用很多的软件都去测一下，单纯的一种评价方法很难说明问题，可以用“一致性的方法”评定你的分子可信度。当然，你要看看你的评价体系是不是可信的，还是要验证的，用测试集测一下就好了啊。
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2楼2013-04-03 19:06:09
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
比较保守也是合理的方法是找一个参照物。比方说这个口袋已经有人实验做了某些配体，证明了活性。用这个化合物去作为体系的参照。不管用什么软件对接，都同时将该配体的打分与自己的分子打分做对照。然后分析跟口袋残基的相互作用。如果打分接近，并且相互作用的残基也差不多，基本上你的配体就算是个有好活性的配体。当然还有一个很重要的就是如果你能够知道这个口袋的药效团，尽量让自己的配体跟这些药效团有作用。
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3楼2013-04-03 19:23:19
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1:分子模拟是一种手段，不能太依赖，最好有活性实验为指导，如ELISA实验
2：蛋白和小分子对接之后，可以从对接能量大小来初步评估下
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4楼2013-04-04 17:56:49
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果做虚拟筛选的话，可以参照晶体结构的小分子作参照，对比对接能量的大小，能量越低越稳定
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5楼2013-04-04 17:58:53
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