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asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接的评价问题

我做的是蛋白与小分子对接
我想请教如何评价分子对接是否可靠,是否稳定?
如何比较不同的小分子对统一蛋白的结合能力或者亲和力
在DS上是哪一个模块实现这个功能。。。
谢谢
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我没怎么用过DS,但是在protein-ligand的对接评价中,你可以用很多的软件都去测一下,单纯的一种评价方法很难说明问题,可以用“一致性的方法”评定你的分子可信度。当然,你要看看你的评价体系是不是可信的,还是要验证的,用测试集测一下就好了啊。
2楼2013-04-03 19:06:09
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
比较保守也是合理的方法是找一个参照物。比方说这个口袋已经有人实验做了某些配体,证明了活性。用这个化合物去作为体系的参照。不管用什么软件对接,都同时将该配体的打分与自己的分子打分做对照。然后分析跟口袋残基的相互作用。如果打分接近,并且相互作用的残基也差不多,基本上你的配体就算是个有好活性的配体。当然还有一个很重要的就是如果你能够知道这个口袋的药效团,尽量让自己的配体跟这些药效团有作用。
3楼2013-04-03 19:23:19
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1:分子模拟是一种手段,不能太依赖,最好有活性实验为指导,如ELISA实验
2:蛋白和小分子对接之后,可以从对接能量大小来初步评估下
4楼2013-04-04 17:56:49
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果做虚拟筛选的话,可以参照晶体结构的小分子作参照,对比对接能量的大小,能量越低越稳定
5楼2013-04-04 17:58:53
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