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无花草

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于原核表达问题(引物设计和实验思路等)

大家好!小弟准备入手做原核表达,苹果茎沟病毒(ASGV)到外壳蛋白(CP)到原核表达,小弟出入这方面,有许多问题不懂,希望有经验到人多多帮助!
1.我现在有ASGV cp的一段序列,不是全序列,从这怎么入手,接下来应该做些什么?(是不是先把cp的全长扩到了,再根据cp全长设计引物?还有这引物怎么设计,要考虑哪些问题?)
希望谁能给我说下做原核表达的思路,包括步骤和用到到实验材料等。
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好好做实验,毕业找份好工作!
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yang8135299

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先,是否需要全长CP蛋白序列,要看你最终是否需要病毒完整的外科蛋白进行下一步的实验。
其次,若不需要全场蛋白,你使用这段序列做原核表达也要做相应的生物信息学分析,以作为支持你选择这段CP序列的理论依据。
例如:原核表达蛋白做抗血清的抗原使用时,优势抗原表位是否在你所表达的这段蛋白里面,应该做相应的分析。
另外,ASGV在NCBI上面也有全长序列,如果想获得你样本的CP全长序列也比较容易。
2楼2013-02-25 16:57:17
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无花草

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yang8135299 at 2013-02-25 16:57:17
首先,是否需要全长CP蛋白序列,要看你最终是否需要病毒完整的外科蛋白进行下一步的实验。
其次,若不需要全场蛋白,你使用这段序列做原核表达也要做相应的生物信息学分析,以作为支持你选择这段CP序列的理论依据。 ...

谢谢你的回答!
我这原核表达到目的是用表达到蛋白制备抗血清,用来建立一个ASGV检测体系。
1.我想要根据表达蛋白制备抗血清到话,是需要全长cp序列的,别人报道到苹果上相关病毒,也是用到全长序列。
2.比如说我需要做些什么方面到生物学信息分析?包括酶切位点这些什么的?
3.你说的优势抗原表位怎么分析呢?手头有全长序列。
希望你继续帮我解答下,再次感谢你了!
好好做实验,毕业找份好工作!
3楼2013-02-25 19:53:33
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