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budinggguodu

金虫 (初入文坛)

[求助] 求助 测序得到条带NCBI上没有同源序列

如题 我是同源克隆 得到测序结果以后 NCBI上没有同源条带 并且送去测序了两个样品 结果都不一样。。。虽然决定试验要重新做了 但是还是想看看有没有虫友们帮忙解释一下 本人新虫 谢谢大家~
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1楼 2013-02-14 22:15:29
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keydy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
budinggguodu: 金币+1, ★有帮助, 谢谢 样品是阳性克隆 嗯 这个物种的序列不知道 和它同一个属的知道了序列 比较了一下相似性几乎没有 出来的条带肯定是不对我就挺费解怎么出来的条带。。 2013-02-16 19:03:51
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助，新年快乐 2013-02-17 13:33:17
分析一下可能的原因：
1.测序结果是否可靠？如果不是，可以重测看看；
2.是检测的阳性克隆吗？这个是必要条件；
3.NCBI上的"同源条带"是指什么？这段基因序列在克隆前是已知的吗？如果已知，那么可以手动对比一下序列间的差 异到底在哪里；
4.诺贝尔奖在召唤你（开玩笑的）。
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2楼2013-02-15 11:54:34
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柠檬果果

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
budinggguodu: 金币+1, ★有帮助, 怎么判断测序出了问题呢 设计引物是根据和它一个属的其他细菌同功能蛋白序列保守序列合成的 2013-02-16 19:06:46
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助，新年快乐 2013-02-17 13:33:33
说下我的看法，其实跟楼上基本相同
1.测序出问题了，看看引物设计的是否正确，根据什么序列设计的引物
2.你测的是什么的序列，找到同一物种的序列跟测序的结果进行一下比对，看有没有相似的序列，有的话看看相似性多少，看看测序的结果是否准确
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没有如果。。
3楼2013-02-15 21:23:38
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励，新年快乐 2013-02-17 13:33:54
非特异性扩增，或引物有问题，或PCR条件需优化，在送出阳性克隆钱，可以用二次巢式PCR确定是否是你要的产物
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immunologyparasite
4楼2013-02-16 01:15:14
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budinggguodu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by robustli at 2013-02-16 01:15:14
非特异性扩增，或引物有问题，或PCR条件需优化，在送出阳性克隆钱，可以用二次巢式PCR确定是否是你要的产物

嗯 谢谢 下次可以试试 用两对引物试试
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5楼2013-02-16 19:08:37
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alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励，新年快乐 2013-02-17 13:34:10
有时候测序结果出问题，可能把载体信息测出来了，所以，看看所测结果是否和所用载体序列有同源性吧。
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6楼2013-02-16 23:36:32
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

可以基本确定，测序错误，现在的测序公司很乱。很多时候都测不出来。。
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
7楼2013-04-26 20:40:50
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budinggguodu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 416114799 at 2013-04-26 20:40:50
可以基本确定，测序错误，现在的测序公司很乱。很多时候都测不出来。。

这个应该不会吧
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8楼2013-04-30 11:38:20
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by budinggguodu at 2013-04-30 11:38:20
这个应该不会吧...

谁说不会啊？很多时候公司就是测不出来。说不定结果页造假呢！！
不过，祝福你，希望你是发下了新物种。。呵呵
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
9楼2013-04-30 11:40:10
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