| 查看: 2792 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
牧雪长空铜虫 (正式写手)
|
[求助]
gromacs无法生成gro文件
|
||
| 为什么我用pdb2gmx后，只生成了top文件，而没有生成gro文件呢？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Gromacs |
» 猜你喜欢
化学工程与技术324调剂
已经有5人回复
-
085500求调剂材料
已经有7人回复
-
化工调剂求导师收留！一志愿失利，踏实肯干，有植物提取科研经历
已经有3人回复
-
268分085602化学工程调剂
已经有20人回复
-
0856专硕求调剂 希望是a区院校
已经有6人回复
-
调剂
已经有7人回复
-
一志愿华中农微生物，288分，三年实验经历
已经有9人回复
-
285求调剂
已经有16人回复
-
求调剂
已经有8人回复
-
材料与化工300求调剂
已经有19人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- 如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件
已经有7人回复
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- gromacs模拟离子液体，建立gro文件
已经有5人回复
- GROMACS ： 把两个*.gro文件合并
已经有4人回复
- 什么原因可能会引起MD时蛋白构象没有变化？
已经有5人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
已经有8人回复
- 【求助】dlpoly跑动力学生成的体系，分散到盒子的顶点上了，这是怎么一回事？应该怎么
已经有5人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】manual 运行不了
已经有4人回复
牧雪长空
铜虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1003.8
- 散金: 59
- 帖子: 373
- 在线: 212.7小时
- 虫号: 1465005
- 注册: 2011-10-28
- 专业: 实验地球化学和计算地球化
5楼2013-01-22 19:26:22
2楼2013-01-21 16:08:19
牧雪长空
铜虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1003.8
- 散金: 59
- 帖子: 373
- 在线: 212.7小时
- 虫号: 1465005
- 注册: 2011-10-28
- 专业: 实验地球化学和计算地球化
|
谢谢你回复我。 pdb2gmx_d -f caco3.pdb -o conf.gro -p topol.top 这是我的完整输入命令，这个命令之后，会提示我选择力场，以及水模型，我依次选的9，1。处理后，有提示，Warning: Starting residue 1 in chain not identified as Protein/RNA/DNA. Problem with chain definition, or missing terminal residues. This chain does not appear to contain a recognized chain molecule。 Fatal error: Residue ' ' not found in residue topolgy database. 然后我查看一下，发现就只有top文件，不知是否跟力场选择有关，可是昨天我把力场试了个遍，未果。。。我的这个pdb是非生物分子的矿物晶体结构文件。 |
3楼2013-01-22 12:38:22
4楼2013-01-22 14:06:12
