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牧雪长空铜虫 (正式写手)
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[求助]
gromacs无法生成gro文件
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| 为什么我用pdb2gmx后，只生成了top文件，而没有生成gro文件呢？ |
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 Gromacs |
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牧雪长空
铜虫 (正式写手)
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- 专业: 实验地球化学和计算地球化
5楼2013-01-22 19:26:22
2楼2013-01-21 16:08:19
牧雪长空
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谢谢你回复我。 pdb2gmx_d -f caco3.pdb -o conf.gro -p topol.top 这是我的完整输入命令，这个命令之后，会提示我选择力场，以及水模型，我依次选的9，1。处理后，有提示，Warning: Starting residue 1 in chain not identified as Protein/RNA/DNA. Problem with chain definition, or missing terminal residues. This chain does not appear to contain a recognized chain molecule。 Fatal error: Residue ' ' not found in residue topolgy database. 然后我查看一下，发现就只有top文件，不知是否跟力场选择有关，可是昨天我把力场试了个遍，未果。。。我的这个pdb是非生物分子的矿物晶体结构文件。 |
3楼2013-01-22 12:38:22
4楼2013-01-22 14:06:12
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