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牧雪长空

铜虫 (正式写手)

[求助] gromacs无法生成gro文件

为什么我用pdb2gmx后，只生成了top文件，而没有生成gro文件呢？
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风流自在，来去从容
1楼 2013-01-21 16:02:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你能把你这个完整的命令输入打出来吗？
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2楼2013-01-21 16:08:19
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牧雪长空

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-21 16:08:19
你能把你这个完整的命令输入打出来吗？

谢谢你回复我。
pdb2gmx_d -f caco3.pdb -o conf.gro -p topol.top

这是我的完整输入命令，这个命令之后，会提示我选择力场，以及水模型，我依次选的9，1。处理后，有提示，Warning: Starting residue 1 in chain not identified as Protein/RNA/DNA.
Problem with chain definition, or missing terminal residues.
This chain does not appear to contain a recognized chain molecule。
Fatal error:
Residue ' ' not found in residue topolgy database.
然后我查看一下，发现就只有top文件，不知是否跟力场选择有关，可是昨天我把力场试了个遍，未果。。。我的这个pdb是非生物分子的矿物晶体结构文件。
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风流自在，来去从容
3楼2013-01-22 12:38:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
牧雪长空: 金币+4, ★★★★★最佳答案, 谢谢你 2013-01-22 17:04:28
引用回帖:
3楼: Originally posted by 牧雪长空 at 2013-01-22 12:38:22
谢谢你回复我。
pdb2gmx_d -f caco3.pdb -o conf.gro -p topol.top

这是我的完整输入命令，这个命令之后，会提示我选择力场，以及水模型，我依次选的9，1。处理后，有提示，Warning: Starting residue 1 in ch ...

最后的这句话“我的这个pdb是非生物分子的矿物晶体结构文件” 才是重点， 使用pdb2gmx 的前提条件是你所选择的力场文件里，有你要转换文件的拓扑信息，
Fatal error:
Residue ' ' not found in residue topolgy database.

这里也有提示，也就是说库里没有你这个矿物晶体的拓扑和参数文件，所以转换不成功。
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4楼2013-01-22 14:06:12
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牧雪长空

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-22 14:06:12
最后的这句话“我的这个pdb是非生物分子的矿物晶体结构文件” 才是重点， 使用pdb2gmx 的前提条件是你所选择的力场文件里，有你要转换文件的拓扑信息，
Fatal error:
Residue ' ' not found in residue topolgy ...

谢谢你呀，我再自己搜搜怎么构建相应的参数文件。我试过profrg，但是构建过出来的gro只有4个原子，而我的pdb是有80个原子的。现在试着搜索网页怎么处理这个问题。不知道你有没有建议或者或者说怎么处理呢？
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风流自在，来去从容
5楼2013-01-22 19:26:22
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张德涛

木虫 (小有名气)
很想知道您的这个问题是怎么解决的……谢谢
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6楼2016-01-20 17:12:27
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