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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 分子构像和分子对接
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cz_rubygd

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 分子构像和分子对接

请问 Docked Conformation and Electrostatic Potential for BRD-4; 是表示对接BRD4的构型和“BRD-4静电势”吗？这里“Electrostatic Potential for BRD-4”可以用来分析什么情况。无赖图贴不上来啊，是个彩色的立体的图示。一般做出这个图的目的是什么？
还有彩色的对接构像图和静电势图上，有个小字“PyMOL”，这个是对接软件，还是什么程序啊。google和baidu都搜不到啊？

另外，Docking Model试验可以解决什么问题。我这里的文献是研究化学探针抑制蛋白质之间的相互作用。

为什么我装了迅雷快传，还是没法上传图片，请版主check一下。
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1楼 2013-01-07 13:33:42
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zhang881007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cz_rubygd: 金币+4, ★★★很有帮助, thanks for xiao zhang, and give you half of bb ! i will wait for other answers. 2013-01-08 09:06:33
应该是！pymol 软件是一款常用的软件，他可以做简单的docking问题。 你可以再NCBI网上找到。免费软件。

Docking Model 主要用于小分子、蛋白之间的分析。你的化学探针可能是小分子荧光探针之类。
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shine
2楼2013-01-07 14:26:27
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longlongdlut

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cz_rubygd: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢了，看样子你是专门研究蛋白质的，有机会也多向你请教请教。 2013-01-09 02:40:40

pymol是处理及查看蛋白pdb结构的软件，不能用来做对接，但是可以和autodock联用
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3楼2013-01-08 17:57:28
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