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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 分析 » 化学分析 » DNA分子stem-loop形成条件
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890528

新虫 (初入文坛)

[求助] DNA分子stem-loop形成条件

求助：我设计了一条单链DNA，用idt分析可以形成分子内的stem-loop结构，TM：66.3但是我实验时就是形成不了stem-loop结构，请哪位大神指点
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1楼 2012-12-21 14:49:49
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greeneese

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
方便不方便透露你设计的具体序列，以及具体操作步骤和条件？
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2楼2012-12-21 17:34:16
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greeneese

铁杆木虫 (正式写手)
以及你如何判定的没有形成茎环结构？
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3楼2012-12-21 17:34:55
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890528

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by greeneese at 2012-12-21 17:34:16
方便不方便透露你设计的具体序列，以及具体操作步骤和条件？

GGA GAG GGG TAG GGC GGG TTG GGC CCC TCT CCC CTG CTG CT
在Tris-HAC 缓冲 pH7.4 含Na K Mg等离子
90度加热10min 缓慢冷却至25度 在25度下2h
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4楼2012-12-21 20:44:13
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890528

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by greeneese at 2012-12-21 17:34:55
以及你如何判定的没有形成茎环结构？

加入hemin 用ABTS H2O2 显色 变很深的绿色
而只有hemin ABTS变色 绿色很浅
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5楼2012-12-21 20:48:48
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greeneese

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 890528 at 2012-12-21 20:44:13
GGA GAG GGG TAG GGC GGG TTG GGC CCC TCT CCC CTG CTG CT
在Tris-HAC 缓冲 pH7.4 含Na K Mg等离子
90度加热10min 缓慢冷却至25度 在25度下2h...

我觉得这是关键所在，有这么多的G碱基好像容易形成四分体结构。
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6楼2012-12-22 00:02:10
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890528

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by greeneese at 2012-12-22 00:02:10
我觉得这是关键所在，有这么多的G碱基好像容易形成四分体结构。...

我设计的目的就是把G四分体包含在stem-loop中 从而把G四分体隐藏起来 有目标物时再打开  很多文献上有这样的报道 可是我就是做不出来
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7楼2012-12-22 10:13:11
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greeneese

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 890528 at 2012-12-22 10:13:11
我设计的目的就是把G四分体包含在stem-loop中 从而把G四分体隐藏起来 有目标物时再打开  很多文献上有这样的报道 可是我就是做不出来...

这就是你用IDT模拟不出问题的原因所在，因为他们的模拟引擎不考虑四分体的形成，而实际上四分体和茎环结构之间是构成竞争关系的。
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8楼2012-12-22 10:52:55
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890528

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by greeneese at 2012-12-22 10:52:55
这就是你用IDT模拟不出问题的原因所在，因为他们的模拟引擎不考虑四分体的形成，而实际上四分体和茎环结构之间是构成竞争关系的。...

可是文献上就又报道将G四分体隐藏在stem-loop中，加入hemin后与单纯只有hemin催化ABTS变色差的不多，说明茎环结构的结合比四分体的结合强 而我的茎环结构比别人的强 但是还是做不出来
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9楼2012-12-22 14:34:29
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greeneese

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 890528 at 2012-12-22 14:34:29
可是文献上就又报道将G四分体隐藏在stem-loop中，加入hemin后与单纯只有hemin催化ABTS变色差的不多，说明茎环结构的结合比四分体的结合强 而我的茎环结构比别人的强 但是还是做不出来...

什么文献？能否共享一下引用条目？
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10楼2012-12-29 12:23:13
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