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swimmingcrab

铜虫 (小有名气)

[交流] RNA电泳图分析

小弟最近再提一种蟹的RNA，如图，Marker使用的是DL2000的DNAmarker，在2000以一直会出现一条条带，第二条带仔细看的话会发现是两条。本来一直以为第一条是28s，后来发现所用trizol说明书上的28s大小都在2000以下（用的是同样的marker），DNase 处理之后第一条带就不见了。新鲜组织提出来的RNA也是这样。那这第一条带是不是DNA污染呢？第二条带是不是就是28S  18s没跑开合在一起了呢？求高手帮忙分析下


使用的是1%琼脂糖凝胶，150v  15min

电泳图.jpg
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1楼2012-10-30 19:17:26
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
★
swimmingcrab(金币+1): 谢谢参与
DNA污染会这么小吧，除非有特异的高拷贝质粒。你的RNA欲变性了吗？
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2楼2012-10-31 07:52:29
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by swimmingcrab at 2012-10-31 08:28:27
没有变性，提取出来测好浓度就电泳了...

未完全变性的RNA跑胶可以看，但分子量估计不准确，而且最好用RNA marker。如果能用DNase除去的应该是DNA，但一般DNA不会那么小，还那么亮。
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6楼2012-10-31 10:14:54
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dingxiuying

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
swimmingcrab(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验 2012-10-31 15:13:44
我的经验是（针对植物的RNA）：
1、RNA中污染的DNA一般会在加样孔的最底端，不会分子量这么小。
2、RNA的电泳条带一般是28s、18s离得比较近，最下面是5s，有时跑变性胶是在18s下还会有两条带，应该是其他的组织中的RNA。
不知道动物组织中的RNA是否有所不同？
提取RNA是一个耗心的过程，要耐心。
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7楼2012-10-31 10:52:44
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swimmingcrab

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 丫头珠 at 2012-10-31 11:00:13
考生物方面的研究生，哪个方向好一点？

生物方向整体好像都不咋样啊
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9楼2012-10-31 17:01:30
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普通回帖

swimmingcrab

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-10-31 07:52:29
DNA污染会这么小吧，除非有特异的高拷贝质粒。你的RNA欲变性了吗？

没有变性，提取出来测好浓度就电泳了
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3楼2012-10-31 08:28:27
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jl860822

金虫 (正式写手)
★
swimmingcrab(金币+1): 谢谢参与
RNA的构象和DNA的是不一样的，跑出来和DNA Marker的大小有出入是很正常的，只要三条带比较完整就差不多的
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4楼2012-10-31 08:56:04
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碧海椰树

木虫 (小有名气)
★
swimmingcrab(金币+1): 谢谢参与
换一下电泳缓冲液吧，不行重新配。
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5楼2012-10-31 09:08:20
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丫头珠

金虫 (小有名气)
★
swimmingcrab(金币+1): 谢谢参与
考生物方面的研究生，哪个方向好一点？
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8楼2012-10-31 11:00:13
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snowingblue

铜虫 (初入文坛)
★
swimmingcrab(金币+1): 谢谢参与
“后来发现所用trizol说明书上的28s大小都在2000以下”，最近我提取的肌肉组织第一条带也是在2000以下，请教楼主，为什么之前别人提RNA28S都在4K左右，同样都是非变性1%琼脂糖电泳，也是DL2000~~
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10楼2013-01-30 13:11:11
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北极星※

金虫 (小有名气)
★
swimmingcrab(金币+1): 谢谢参与
个人觉得楼主重新用新配置的电泳液并把使用的电泳仪都洗干净再跑一次电泳，看看结果怎么样，如果还是不好再来一次看看……用试剂盒提取RNA效果还是可以的
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11楼2013-01-30 20:18:54
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