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lxyyzz

木虫 (小有名气)

[求助] 富含脯氨酸的蛋白质为什么在进行SDS-PAGE的时候,分子量会比本来的分子量大很多?已有1人参与

RT,求高人解释,SDS-PAGE不是本来剔除了电荷的影响么。
另外,到底什么样的算脯氨酸“富集”?
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lxyyzz

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 2008430117 at 2012-11-08 19:17:07
1.有可能不是富含脯氨酸的原因
2.上面提到是纯化的蛋白,有没有可能这种蛋白含有较多的半胱氨酸,有可能出现3.的情况
3.在跑大分子构象复杂的蛋白质分子时,常会出现在泳道顶端(有时在浓缩胶中)的一些大分子未知 ...

关于你说的这种情况,我觉得可能有些道理,但是我还有些疑问:
1. 以前有跑过富含半胱氨酸的蛋白质,但是分子量没发现差得很多啊。
2. 关于loading的处理,我们是用DTT做还原剂然后100度煮10min后上样,另外loading里面本来就存在EDTA。没有再补加过。我们实验室一直是这样操作的。
3. 我以前做过一个截短型GST标签的蛋白,加上GST标签实际分子量只有35kDa,但是它脯氨酸含量有些高,80个氨基酸有15个脯氨酸,实际电泳的结果在45kDa,多出来10kDa。我查了下,这80个氨基酸中并没有半胱氨酸。
我仍然觉得确实是脯氨酸的问题,只是不太明白为什么。
欢迎讨论交流!
8楼2012-11-09 14:05:14
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lxyyzz

木虫 (小有名气)

没有人知道么。。。
2楼2012-10-10 09:01:33
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sj082csh

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lxyyzz: 金币+5, 有帮助, 谢谢回复~ 2012-10-13 09:48:51
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-16 13:48:55
据说是这样的:1.亲水性高,碱性蛋白,结合的SDS数目较少,因此电泳时偏慢
              2.因其容易受糖基化修饰,所以其表观分子量较计算出的分子量大
3楼2012-10-12 22:29:01
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lxyyzz

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sj082csh at 2012-10-12 22:29:01
据说是这样的:1.亲水性高,碱性蛋白,结合的SDS数目较少,因此电泳时偏慢
              2.因其容易受糖基化修饰,所以其表观分子量较计算出的分子量大

关于这个问题:
1. 脯氨酸是疏水性氨基酸,不属于碱性氨基酸啊;SDS跟蛋白结合与蛋白的什么性质有关?
2. 这个我也知道。但是我做过一些截短蛋白,有的蛋白脯氨酸含量也很高(比如某段氨基酸序列,30个氨基酸里面有9个脯氨酸),但是就没有出现分子量偏大的现象。这种情况怎么解释?

另外还有一个问题。有的富含脯氨酸的蛋白质,纯化的结果是两条带。一条与实际分子量差不多,一条要多很多,两条带的分子量差十几kDa。WB的结果表明,这两个条带都是这个蛋白。我觉得这种现象可能跟脯氨酸有关系。请问这种现象是否也有合理的解释?
望不吝告知~
谢谢!
4楼2012-10-13 09:59:47
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