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celia2012

铜虫 (小有名气)

[求助] PCR反应体系 已有1人参与

最近在做RTPCR,做对照的总是在30个循环做样出现CT值,总觉得是污染了,试了各种方法还是这样,怀疑有引物二聚体产生,请问反应体系中如果模板浓度叫高,是加大引物量还是减少,
之前做的反应体系为:SYBR MIX:10UL
                                   引物:0.8ul
                                   水:7.4微升
做338f-518r引物CT值大概在12,13左,模板浓度较高,如何优化体系
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gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

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★ ★
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celia2012: 金币+2 2012-09-25 13:07:06
我们一般都是将反转录模版稀释之后再做RT-PCR!
持之以恒、永不放弃!
2楼2012-09-24 18:47:59
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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celia2012: 金币+4 2012-09-25 13:07:11
你的问题不是很清楚。如果你觉得你用做反转录的RNA有DNA污染,需要优化DNase消化的条件。反转录时做负对照,用于检测RNA样品中的痕量DNA污染。至于你说的模板浓度较高,你可以根据情况稀释。我一般是用1ug RNA做反转录,稀释5倍后取1ul做PCR。这只是一般而言,丰度很高或者很低的mRNA要根据情况稀释。还有你给出了引物的体积,不知道你用的引物浓度多少。一般RTPCR采用终浓度为0.2-0.5uM。如果你认为有引物二聚体产生,可以适当降低引物浓度。
3楼2012-09-25 07:17:52
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mamadexiao

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我记得似乎我原来写过
再写一遍
我一般是RNA提完,定量
2UG反转
取反转的产物0.5ul+3.5ul纯水/超纯水
MIX 5UL
上下游引物各0.5ul
反应体系10ul
然后,看你的PCR有没有引物二聚体,最好去跑个电泳
另外还可以从你的realtime结果中看熔解曲线
如果有双峰,那就是你的退火温度不是很好。。。再摸个梯度PCR,确定下引物条件
尽量选择单峰的。。。
4楼2012-09-25 15:47:36
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mao19881205

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
模版浓度过高有可能会导致PCR出问题,可以稀释之后再做。引物过多过多会导致引物二聚体过多
5楼2012-09-25 15:49:17
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宇宙小妖怪

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主如果你怀疑有有引物二聚体产生可以用SYBG染料法作下PCR实验,然后着重看溶解曲线的单双峰情况,我们实验室用BIOGHC Elitefast SYBR Kit检测DNA,熔解曲线是为了验证扩增产物特异性的,要是熔解曲线是单峰说明产物只有一条,结果较好;要是双峰说明产物不特异,可能存在引物二聚体或非特异性扩增,有可能你的引物设计有问题。
6楼2019-02-03 09:50:18
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