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apple712

银虫 (初入文坛)

[求助] 5'race 求助,万分感激~~~

各位大侠好,最近在做5‘race。用的是cloneth的SmartRace kit,引物Tm值在70度附近,操作的步骤完全按照kit的进行:两次PCR过程中,第一次用touchdowm PCR,后产物稀释50倍,作nest PCR,68度退火,72延伸3min,25个cycles;看到有清晰的条带,大小跟我想要的size差不多,回收做连接测序,结果是26S ribosomal RNA gene的部分序列,重新提取RNA并进行检测,cDNA也做了检测,均没有问题。然后做了race,结果得到size差不多的条带,最后测序结果也是一样。奇怪的是所得到的序列中也找不到我做pcr的引物,请问问题出在哪里了?我需要怎样改进我的实验条件?因为是第一次做race,有很多都不懂,请大家指教。谢谢~
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wushuwei1104

银虫 (小有名气)

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-19 15:13:29
楼主最近做得怎么样?我也在做5‘RACE,我跟你的情况大致一样,用的试剂盒也是跟你一样,但是我能在我的测序结果中找出做inner PCR的前、后引物,但是经过序列比对,发现跟她的同源其他植物相比5’端缺少20左右bp,现在就不知道为什么会出现这种结果。是本身这种植物这个基因比同源其他植物基因短,还是在做5‘race时,RNA略有降解,但是前后引物都是存在的!   纠结中------
勤能补拙
7楼2012-09-19 14:44:26
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apple712

银虫 (初入文坛)

哎,这两天换了引物又试了各种条件,还是木有结果,悲催呀~
2楼2012-08-30 19:34:34
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yananhl

银虫 (小有名气)

楼主最近做的怎么样了?我也在纠结中,我的RNA提不好现在是。提的RNA效果只能做3‘的,你提的效果怎么样,用什么方法提的?
3楼2012-09-18 10:35:03
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apple712

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yananhl at 2012-09-18 10:35:03
楼主最近做的怎么样了?我也在纠结中,我的RNA提不好现在是。提的RNA效果只能做3‘的,你提的效果怎么样,用什么方法提的?

我刚刚做出来了,现在正在扩全长序列。RNA是用kit提的,质量挺好的,但是浓度不是很高,因为我提的那个物种本身就很难提。你也是用clontech的kit做的么,我之前虽然说是在用这个kit,其实是从网上下载人家的protocol,然后自己合成接头引物的,后来换了很多都不行,干脆就买了kit,后来重新做就很快做出来了,所以,还是kit很关键呀~~~
4楼2012-09-18 16:27:45
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