24小时热门版块排行榜    

查看: 2633  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

156348820

木虫 (小有名气)

[求助] 16SDNA-PCR产物测序结果拿到后该如何处理?

16SDNA-PCR测序结果出来了,该怎么处理测序结果啊?还是直接就BLAST?因为我做了2个重复,而且都是双向测序,重复之间的长度还不一样。。。所以感觉需要去掉某些碱基,

用DNAMAN比较了一下两条互补链,发现,从432到999才是完全重合的,是否需要拿这完全重合的区域去BLAST吗?

Upper line: Reverse_Complement_1.seq, from 1 to 568
Lower line: 1.seq, from 432 to 999

Reverse_Complement_1.seq:1.seq identity= 100.00%(568/568) gap=0.00%(0/568)

求解啊? 拿到测序结果到底应该如何处理啊?我的目的是为了鉴定
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

156348820

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ybfang at 2012-08-25 14:41:25
鉴定菌种就直接blast啦。两个分别blast。应该可以得到属

是不是正反序列需要拼接啊?我每个测序结果就只有1000bp但是,blast结果中人家的都有1400以上的BP啊?
3楼2012-08-26 18:30:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

ybfang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
156348820: 金币+5, ★有帮助 2012-08-27 19:35:54
鉴定菌种就直接blast啦。两个分别blast。应该可以得到属
共勉!!!!
2楼2012-08-25 14:41:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

156348820

木虫 (小有名气)

还有一个疑问就是在BLAST后,得到N多个同源性较高的结果,到底选择那些来构建系统发育树?
4楼2012-08-26 20:22:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ybfang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
156348820: 金币+15, ★有帮助 2012-08-27 19:36:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by 156348820 at 2012-08-26 18:30:29
是不是正反序列需要拼接啊?我每个测序结果就只有1000bp但是,blast结果中人家的都有1400以上的BP啊?...

我以前也遇过这种拼接后才900左右的。但不管长短Blast一下看结果先。如果怀疑拼接出错,可以blast测序公司发来的两个seq文件——也就是单侧的序列(记事本打开),估计两个都是差不多种属的。
共勉!!!!
5楼2012-08-26 20:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 申请环境,微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 12:19 by C6CRn66RYYXS
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 11:35 by YHiw1gou1Eda
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 4/200 2026-11-10 10:51 by YHiw1gou1Eda
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 4/200 2026-11-10 10:18 by YHiw1gou1Eda
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-10 09:23 by 1yv6QACPoY1E
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
信息提示
请填处理意见