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156348820

木虫 (小有名气)

[求助] 16SDNA-PCR产物测序结果拿到后该如何处理?

16SDNA-PCR测序结果出来了,该怎么处理测序结果啊?还是直接就BLAST?因为我做了2个重复,而且都是双向测序,重复之间的长度还不一样。。。所以感觉需要去掉某些碱基,

用DNAMAN比较了一下两条互补链,发现,从432到999才是完全重合的,是否需要拿这完全重合的区域去BLAST吗?

Upper line: Reverse_Complement_1.seq, from 1 to 568
Lower line: 1.seq, from 432 to 999

Reverse_Complement_1.seq:1.seq identity= 100.00%(568/568) gap=0.00%(0/568)

求解啊? 拿到测序结果到底应该如何处理啊?我的目的是为了鉴定
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ybfang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
156348820: 金币+5, 有帮助 2012-08-27 19:35:54
鉴定菌种就直接blast啦。两个分别blast。应该可以得到属
共勉!!!!
2楼2012-08-25 14:41:25
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156348820

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ybfang at 2012-08-25 14:41:25
鉴定菌种就直接blast啦。两个分别blast。应该可以得到属

是不是正反序列需要拼接啊?我每个测序结果就只有1000bp但是,blast结果中人家的都有1400以上的BP啊?
3楼2012-08-26 18:30:29
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156348820

木虫 (小有名气)

还有一个疑问就是在BLAST后,得到N多个同源性较高的结果,到底选择那些来构建系统发育树?
4楼2012-08-26 20:22:57
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ybfang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
156348820: 金币+15, 有帮助 2012-08-27 19:36:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by 156348820 at 2012-08-26 18:30:29
是不是正反序列需要拼接啊?我每个测序结果就只有1000bp但是,blast结果中人家的都有1400以上的BP啊?...

我以前也遇过这种拼接后才900左右的。但不管长短Blast一下看结果先。如果怀疑拼接出错,可以blast测序公司发来的两个seq文件——也就是单侧的序列(记事本打开),估计两个都是差不多种属的。
共勉!!!!
5楼2012-08-26 20:29:19
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ybfang

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 156348820 at 2012-08-26 20:22:57
还有一个疑问就是在BLAST后,得到N多个同源性较高的结果,到底选择那些来构建系统发育树?

选择最相近的几个。还有选一些种属距离远的做对照。不过建树我是自己偷偷学的。其实我是中药学的。
共勉!!!!
6楼2012-08-27 20:07:58
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