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wangning__

木虫 (正式写手)

[求助] 为什么PCR扩增出来使这个样子,各位高手帮忙支招吧!

古菌槽式扩增,以全长的50,100,150,200稀释为模版,得到下面的图,为什么有杂带,后来提高退火温度2℃,4℃,延伸时间缩短15s,20s,还是这个样子,换了新的体系试剂还是没有消除,这是什么原因呢?
PS:引物为109/1510;109/515,扩增产物用于DGGE

求求各位大侠给支个招吧,小妹实在是找不出原因了。

2000的marker,分别为全长扩增产物稀释50倍,100,150,200倍,其它条件一致
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乌拉拉
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zhsDONG

银虫 (小有名气)

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感谢参与,应助指数 +1
wangning__: 金币+1 2012-08-05 09:23:34
可能是引物的特异性不是很强
2楼2012-08-04 14:33:48
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robert-RBT

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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wangning__: 金币+3 2012-08-05 09:24:01
减少pcr循环数和模版量试一下。除了引物的可能行外,也有可能是模版质量不好,有降解。
3楼2012-08-04 21:18:12
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eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
wangning__: 金币+1 2012-08-05 09:24:13
也可以试试 用PCR产物稀释100倍后作为模板再扩增看还有没有杂带
4楼2012-08-04 22:00:14
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snzydong

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
模板量适当降低 再说如果目的条带对 你可以切胶回收 不必要纠结这个问题

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2012-08-05 09:08:48
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西区五号楼

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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wangning__: 金币+3, 有帮助 2012-08-06 09:45:47
可以切胶回收之后!也可以做个巢式PCR试试!做DGGE的话,这个亮度貌似已经很好了!
6楼2012-08-05 09:24:01
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wangning__

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by snzydong at 2012-08-05 09:08:48
模板量适当降低 再说如果目的条带对 你可以切胶回收 不必要纠结这个问题

这个已经是稀释后的了,还是不可以。PCR产物不好的话会严重影响DGGE的,所以必须优化,但是我又不会切胶回收,跪求指点一下...
乌拉拉
7楼2012-08-05 09:26:59
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dajiong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wangning__: 金币+2, 有帮助 2012-08-06 09:46:21
引用回帖:
7楼: Originally posted by wangning__ at 2012-08-05 09:26:59
这个已经是稀释后的了,还是不可以。PCR产物不好的话会严重影响DGGE的,所以必须优化,但是我又不会切胶回收,跪求指点一下......

切胶回收买个试剂盒就可以了呀         promega的tiangen的omega的都有    按说明书就可以了。
哦也
8楼2012-08-05 21:18:51
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damaomao

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

9楼2012-08-06 16:31:40
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sd3824289

木虫 (正式写手)

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验 2012-08-07 15:37:57
建议楼主做个温度梯度试试,我筛选条件的时候都是用这个方法,很好的!基本上做一次就知道最适退火温度了,一般情况下,如果两次PCR用到得酶不一样,也会导致在相同的退火温度下得到不一样的结果!模板浓度如果高,建议加0.5μl就够了,如果浓度不高,就得加1μL,引物浓度应该都是10MM!祝楼主好运!

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坚持,就像流星,即使知道最后的结果,也要勇敢的走到最后!
10楼2012-08-07 09:26:53
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