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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 文献上的引物可信度有多少
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real-gold

银虫 (小有名气)

[交流] 文献上的引物可信度有多少

今天在查阅一篇文献对里面的内容有疑惑，文献原文如何下，
摘抄一条引物序列为：上游引物：5‘TTGTTGGAGAGACTGGCAAGACGG 3’
                    下游引物：5‘TGTCTTTTACCGTGATTTTCC3’
  我在ncbi在blast的结果如下
产物为2314，但文献上确写的是343，这该如何解释？文章上引物是不是出错了？
PS：经常发现是一些文献上的引物序列无法blast出结果。










[ Last edited by real-gold on 2012-7-12 at 19:53 ]
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1楼 2012-07-12 19:51:28
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Rick001

铁杆木虫 (职业作家)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
多参考几篇文献，大家采用比较多的，一般是没大问题的。至于和Blast出来的结果不一样，我也遇到过。我并不知道为什么，我也是是生物科班，只是采用分子生物学手段对种群进行了分析。或许Blast出来的结果包含引物之外的序列。

如果参考文献很有限，那么该研究可能刚刚开始，可能有待于进一步的完善。

至于文献中提到的引物扩增片段长度对与否，合成一对引物，自己扩增以下，测序试一试就能证实了吧。

愚见，仅供参考！
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22楼2012-07-14 15:48:36
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elbo

金虫 (小有名气)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
看这个杂志怎么样，有的杂志一般，编辑的时候也可能疏忽，国内一级学报还是可信高的，多看几篇，看大家是否都用这个引物。
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2楼2012-07-13 18:44:24
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murphyLW

木虫 (正式写手)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
文献上的一般比对下就知道了，行就用不行就换一个
赞一下 回复此楼
8楼2012-07-13 19:40:26
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
一般就是引物好与不好的问题，不会有大差错的。
你blast出来的那个结果是基因组序列，而文献是用cDNA做的定量，可能中间有内含子，所以从基因组DNA和cDNA扩增出来的产物会有不同的大小。
你看看blast的结果里面有没有从cDNA或者mRNA（NM开头的编号）得到的片段，那个的大小应该就对了。
最好是自己把基因的序列找出来看看是不是有内含子吧。
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real-gold
11楼2012-07-13 20:47:00
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