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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 文献上的引物可信度有多少
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real-gold

银虫 (小有名气)

[交流] 文献上的引物可信度有多少

今天在查阅一篇文献对里面的内容有疑惑，文献原文如何下，
摘抄一条引物序列为：上游引物：5‘TTGTTGGAGAGACTGGCAAGACGG 3’
                    下游引物：5‘TGTCTTTTACCGTGATTTTCC3’
  我在ncbi在blast的结果如下
产物为2314，但文献上确写的是343，这该如何解释？文章上引物是不是出错了？
PS：经常发现是一些文献上的引物序列无法blast出结果。










[ Last edited by real-gold on 2012-7-12 at 19:53 ]
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1楼2012-07-12 19:51:28
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
一般就是引物好与不好的问题，不会有大差错的。
你blast出来的那个结果是基因组序列，而文献是用cDNA做的定量，可能中间有内含子，所以从基因组DNA和cDNA扩增出来的产物会有不同的大小。
你看看blast的结果里面有没有从cDNA或者mRNA（NM开头的编号）得到的片段，那个的大小应该就对了。
最好是自己把基因的序列找出来看看是不是有内含子吧。
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real-gold
11楼2012-07-13 20:47:00
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
25楼: Originally posted by real-gold at 2012-07-17 21:02:02
嗯，请教一下该如何查看序列上是否有内含子呢？...

NCBI上看基因信息就知道了。比如下面这个：

mRNA            join(5001..5252,19099..19173,27083..27371,39297..39435,
                     41621..41786,57437..57535,68781..68993,70133..70276,
                     73240..73386,74960..75035,75272..75591,76120..76242,
                     77501..77586,78475..80029)
                     /gene="STAU1"
                     /gene_synonym="STAU"
                     /product="staufen, RNA binding protein, homolog 1
                     (Drosophila), transcript variant T3"

里面的 join(5001..5252,19099..19173,27083 那一段就是说，序列的5001~5252，19099~19173这些是外显子，其他那些比如5253~19098就是内含子的序列啦。
NCBI上的信息不难懂，自己仔细看看吧。我都是自己琢磨出来的，懒得去看书
如果你是用常见的模式生物，那么最好直接到相关的网站上去找，都是图文并茂的，看起来更直观。
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27楼2012-07-17 21:58:51
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