版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

real-gold

银虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 302.9
帖子: 153
在线: 230.8小时
虫号: 544034

[交流] 文献上的引物可信度有多少

今天在查阅一篇文献对里面的内容有疑惑，文献原文如何下，
摘抄一条引物序列为：上游引物：5‘TTGTTGGAGAGACTGGCAAGACGG 3’
下游引物：5‘TGTCTTTTACCGTGATTTTCC3’
我在ncbi在blast的结果如下
产物为2314，但文献上确写的是343，这该如何解释？文章上引物是不是出错了？
PS：经常发现是一些文献上的引物序列无法blast出结果。

[ Last edited by real-gold on 2012-7-12 at 19:53 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2012-07-12 19:51:28

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

25楼: Originally posted by real-gold at 2012-07-17 21:02:02
嗯，请教一下该如何查看序列上是否有内含子呢？...

NCBI上看基因信息就知道了。比如下面这个：

mRNA          join(5001..5252,19099..19173,27083..27371,39297..39435,
                  41621..41786,57437..57535,68781..68993,70133..70276,
                  73240..73386,74960..75035,75272..75591,76120..76242,
                  77501..77586,78475..80029)
                  /gene="STAU1"
                  /gene_synonym="STAU"
                  /product="staufen, RNA binding protein, homolog 1
                  (Drosophila), transcript variant T3"

里面的 join(5001..5252,19099..19173,27083 那一段就是说，序列的5001~5252，19099~19173这些是外显子，其他那些比如5253~19098就是内含子的序列啦。
NCBI上的信息不难懂，自己仔细看看吧。我都是自己琢磨出来的，懒得去看书

如果你是用常见的模式生物，那么最好直接到相关的网站上去找，都是图文并茂的，看起来更直观。

赞一下(1人)

回复此楼

27楼2012-07-17 21:58:51

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 29 个回答

elbo

金虫 (小有名气)

应助: 18 (小学生)
金币: 1003.7
帖子: 231
在线: 119.9小时
虫号: 954540

★
real-gold(金币+1): 谢谢参与

看这个杂志怎么样，有的杂志一般，编辑的时候也可能疏忽，国内一级学报还是可信高的，多看几篇，看大家是否都用这个引物。

赞一下

回复此楼

2楼2012-07-13 18:44:24

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

murphyLW

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 2011.1
帖子: 357
在线: 417.1小时
虫号: 1188054

★
real-gold(金币+1): 谢谢参与

文献上的一般比对下就知道了，行就用不行就换一个

赞一下

回复此楼

8楼2012-07-13 19:40:26

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

★
real-gold(金币+1): 谢谢参与

一般就是引物好与不好的问题，不会有大差错的。
你blast出来的那个结果是基因组序列，而文献是用cDNA做的定量，可能中间有内含子，所以从基因组DNA和cDNA扩增出来的产物会有不同的大小。
你看看blast的结果里面有没有从cDNA或者mRNA（NM开头的编号）得到的片段，那个的大小应该就对了。
最好是自己把基因的序列找出来看看是不是有内含子吧。

赞一下(1人)

回复此楼