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real-gold

银虫 (小有名气)


[交流] 文献上的引物可信度有多少

今天在查阅一篇文献对里面的内容有疑惑,文献原文如何下,
摘抄一条引物序列为:上游引物:5‘TTGTTGGAGAGACTGGCAAGACGG 3’
                    下游引物:5‘TGTCTTTTACCGTGATTTTCC3’
  我在ncbi在blast的结果如下
产物为2314,但文献上确写的是343,这该如何解释?文章上引物是不是出错了?
PS:经常发现是一些文献上的引物序列无法blast出结果。










[ Last edited by real-gold on 2012-7-12 at 19:53 ]
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real-gold

银虫 (小有名气)


送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by 西瓜 at 2012-07-13 20:47:00
一般就是引物好与不好的问题,不会有大差错的。
你blast出来的那个结果是基因组序列,而文献是用cDNA做的定量,可能中间有内含子,所以从基因组DNA和cDNA扩增出来的产物会有不同的大小。
你看看blast的结果里面有 ...

嗯,请教一下该如何查看序列上是否有内含子呢?
25楼2012-07-17 21:02:02
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查看全部 29 个回答

elbo

金虫 (小有名气)



real-gold(金币+1): 谢谢参与
看这个杂志怎么样,有的杂志一般,编辑的时候也可能疏忽,国内一级学报还是可信高的,多看几篇,看大家是否都用这个引物。
2楼2012-07-13 18:44:24
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murphyLW

木虫 (正式写手)



real-gold(金币+1): 谢谢参与
文献上的一般比对下就知道了,行就用不行就换一个
8楼2012-07-13 19:40:26
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real-gold(金币+1): 谢谢参与
一般就是引物好与不好的问题,不会有大差错的。
你blast出来的那个结果是基因组序列,而文献是用cDNA做的定量,可能中间有内含子,所以从基因组DNA和cDNA扩增出来的产物会有不同的大小。
你看看blast的结果里面有没有从cDNA或者mRNA(NM开头的编号)得到的片段,那个的大小应该就对了。
最好是自己把基因的序列找出来看看是不是有内含子吧。

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11楼2012-07-13 20:47:00
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