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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 文献上的引物可信度有多少
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real-gold

银虫 (小有名气)

[交流] 文献上的引物可信度有多少

今天在查阅一篇文献对里面的内容有疑惑，文献原文如何下，
摘抄一条引物序列为：上游引物：5‘TTGTTGGAGAGACTGGCAAGACGG 3’
                    下游引物：5‘TGTCTTTTACCGTGATTTTCC3’
  我在ncbi在blast的结果如下
产物为2314，但文献上确写的是343，这该如何解释？文章上引物是不是出错了？
PS：经常发现是一些文献上的引物序列无法blast出结果。










[ Last edited by real-gold on 2012-7-12 at 19:53 ]
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1楼 2012-07-12 19:51:28
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
一般就是引物好与不好的问题，不会有大差错的。
你blast出来的那个结果是基因组序列，而文献是用cDNA做的定量，可能中间有内含子，所以从基因组DNA和cDNA扩增出来的产物会有不同的大小。
你看看blast的结果里面有没有从cDNA或者mRNA（NM开头的编号）得到的片段，那个的大小应该就对了。
最好是自己把基因的序列找出来看看是不是有内含子吧。
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real-gold
11楼2012-07-13 20:47:00
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
25楼: Originally posted by real-gold at 2012-07-17 21:02:02
嗯，请教一下该如何查看序列上是否有内含子呢？...

NCBI上看基因信息就知道了。比如下面这个：

mRNA            join(5001..5252,19099..19173,27083..27371,39297..39435,
                     41621..41786,57437..57535,68781..68993,70133..70276,
                     73240..73386,74960..75035,75272..75591,76120..76242,
                     77501..77586,78475..80029)
                     /gene="STAU1"
                     /gene_synonym="STAU"
                     /product="staufen, RNA binding protein, homolog 1
                     (Drosophila), transcript variant T3"

里面的 join(5001..5252,19099..19173,27083 那一段就是说，序列的5001~5252，19099~19173这些是外显子，其他那些比如5253~19098就是内含子的序列啦。
NCBI上的信息不难懂，自己仔细看看吧。我都是自己琢磨出来的，懒得去看书
如果你是用常见的模式生物，那么最好直接到相关的网站上去找，都是图文并茂的，看起来更直观。
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27楼2012-07-17 21:58:51
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普通回帖

elbo

金虫 (小有名气)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
看这个杂志怎么样，有的杂志一般，编辑的时候也可能疏忽，国内一级学报还是可信高的，多看几篇，看大家是否都用这个引物。
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2楼2012-07-13 18:44:24
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murphyLW

木虫 (正式写手)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
文献上的一般比对下就知道了，行就用不行就换一个
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8楼2012-07-13 19:40:26
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shuaiger

木虫 (正式写手)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
中文的不看也罢
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10楼2012-07-13 19:50:57
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caoluoyuan

金虫 (正式写手)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
自己设计不就可以了嘛
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12楼2012-07-14 08:12:49
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lingpiao

银虫 (小有名气)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
尽量用国外高分文章里的，然后拿去blast上验证一下
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13楼2012-07-14 08:37:53
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neu234

木虫之王 (文学泰斗)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
不要全信文献上的数据，重现性很差
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14楼2012-07-14 08:48:02
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sd3824289

木虫 (正式写手)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
自己设计的引物最放心！要是想看文献上的引物，还是多参考几个！
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17楼2012-07-14 09:53:25
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涌动的泉

铜虫 (知名作家)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
多找几对试试就知道
有的时候完美的引物不一定出带
看似不怎么样的引物也不一定不出带
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18楼2012-07-14 10:12:03
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Rick001

铁杆木虫 (职业作家)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
多参考几篇文献，大家采用比较多的，一般是没大问题的。至于和Blast出来的结果不一样，我也遇到过。我并不知道为什么，我也是是生物科班，只是采用分子生物学手段对种群进行了分析。或许Blast出来的结果包含引物之外的序列。

如果参考文献很有限，那么该研究可能刚刚开始，可能有待于进一步的完善。

至于文献中提到的引物扩增片段长度对与否，合成一对引物，自己扩增以下，测序试一试就能证实了吧。

愚见，仅供参考！
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22楼2012-07-14 15:48:36
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nmhsd

木虫 (正式写手)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
把目的序列下载了，用软件验证一下不就知道了。
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23楼2012-07-14 23:17:38
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jl860822

金虫 (正式写手)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
极有可能是中间有内含子，你再仔细看看
文献上的引物不一定好使，我上次从Nature上的一篇文献中照搬引物，结果扩增不出来，给那边老师发信，人家说了一堆PCR常见知识，后来果断换了引物
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24楼2012-07-15 12:14:52
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real-gold

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by 西瓜 at 2012-07-13 20:47:00
一般就是引物好与不好的问题，不会有大差错的。
你blast出来的那个结果是基因组序列，而文献是用cDNA做的定量，可能中间有内含子，所以从基因组DNA和cDNA扩增出来的产物会有不同的大小。
你看看blast的结果里面有 ...

嗯，请教一下该如何查看序列上是否有内含子呢？
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25楼2012-07-17 21:02:02
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rice1007

禁虫 (正式写手)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽
26楼2012-07-17 21:09:02
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wocause

银虫 (小有名气)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
加油吧！菜鸟同升级
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28楼2013-04-24 21:38:25
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yilunanxia

金虫 (正式写手)
★
real-gold(金币+1): 谢谢参与
额，一般我直接从SCI里面找相关的引物序列，有时候懒得做梯度PCR的时候就直接拿文献上的条件用了，也没啥问题。
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29楼2013-04-25 08:43:30
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xgj2008best3楼
2012-07-13 18:48   回复  
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blwzll4楼
2012-07-13 18:49   回复  
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郑克宁5楼
2012-07-13 19:12   回复  
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JimWolverine6楼
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sesame_oil7楼
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goingabroad9楼
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luojinyan15楼
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wlxwlx102616楼
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huijun043219楼
2012-07-14 10:30   回复  
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75125417920楼
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等我的鱼21楼
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