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real-gold

银虫 (小有名气)

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[交流] 文献上的引物可信度有多少

今天在查阅一篇文献对里面的内容有疑惑，文献原文如何下，
摘抄一条引物序列为：上游引物：5‘TTGTTGGAGAGACTGGCAAGACGG 3’
下游引物：5‘TGTCTTTTACCGTGATTTTCC3’
我在ncbi在blast的结果如下
产物为2314，但文献上确写的是343，这该如何解释？文章上引物是不是出错了？
PS：经常发现是一些文献上的引物序列无法blast出结果。

[ Last edited by real-gold on 2012-7-12 at 19:53 ]

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1楼2012-07-12 19:51:28

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

★
real-gold(金币+1): 谢谢参与

一般就是引物好与不好的问题，不会有大差错的。
你blast出来的那个结果是基因组序列，而文献是用cDNA做的定量，可能中间有内含子，所以从基因组DNA和cDNA扩增出来的产物会有不同的大小。
你看看blast的结果里面有没有从cDNA或者mRNA（NM开头的编号）得到的片段，那个的大小应该就对了。
最好是自己把基因的序列找出来看看是不是有内含子吧。